بررسی توالی های سیگنال شناسایی هسته (NLS) متعلق به پروتئین های High Mobility Group در گیاهان و قارچ ها

گروه High mobility، خانواده ی بزرگی از پروتئین های متصل شونده به شیار کوچک DNA را تشکیل می دهند. به دلیل ویژگی اختصاصی پروتئین های این خانواده در اتصال به DNA بررسی توالی های کلیدی در آنها دارای اهمیت می باشد. در جهت این هدف تصمیم به بررسی توالی های شناسایی هسته(NLS) در این پروتئین ها گرفته شد.در این بررسی توالی های پروتئینیHMG در دو رده قارچها و گیاهان از طریق لینکhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein جمع آوری شدند. تعداد نهایی توالی ها در قارچ ها 130 و در قارچ ها 150 عدد بود. باتوجه به اینکه توالی های شناسایی هسته در این خانواده ی پروتئینی غالبا در وسط توالی ها می باشد و نه در دو انتهای آنها، از سروری استفاده گردید که توانایی پیش بینی توالیهای شناسایی هسته ای را در وسط توالی پروتئینی داشته باشد. در همین جهت سرور NLS-Mapper مورد استفاده قرار گرفت. توالی های شناسایی هسته ی بدست آمده به این وسیله، سپس با سرور CD-HIT و با بررسی شباهت ها تا 70% مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج، تنوع بیشتری در قارچها نسبت به گیاهان نشان داد. به طوری که توالی های شناسایی هسته (NLS) قارچها به 04 دسته و گیاهان به 61 دسته طبقه بندی شدند. بررسی شباهت این دسته ها بایکدیگر، نشان داد، یکی از این گروهها در قارچ ها با یک دسته در گیاهان 100% یکسان هستند. با بررسی وظایف این توالی ها مشخص شد که این دسته ازپروتئین ها در هر دو رده گیاهان و قارچ ها دارای عمل یکسان نیز هست و وظیفه ی اتصال به بالادست پروموتر در شروع رونویسی (UBF) را دارند.

کلیدواژه ها:

سیگنال شناسایی هسته ، HMG