مدل سازی به روش In silico به منظور ایجاد مقاومت دمایی در آمیلاز بالقوه صنعتی سنتز شده از باکتری stearothermophilus eobacillus

سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 967

نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

IBIS04_121

تاریخ نمایه سازی: 14 شهریور 1393

چکیده مقاله:

یک باکتری بسیار ترموفیل است که در دردمای بالای70°C زندگی کرده و آنزیم هایی بسیار گرمادوست راتولید میکند .ازجمله آنزیمهای بسیار گرمادوست تولیدشده توسط باکتریهای این جنس آمیلاز می باشد که درصنعت بسیار پرکاربرد است. امروزه هیدرولیز نشاستهیکی از صنعت های مهمی است که آمیلاز می تواند نقش کلیدی در تغییر فرآیند آن از فرآیند صنعتی به زیستی ایفا کند. باتوجه به ضرورت وجود دمای بالا ( بیش از85°C) برای هیدرولیز نشاسته، فرم عادی آمیلاز که به وسیله نوع وحشی Geobacillus stearothermophilus تولید م ی شود، کارکرد صنعتیندارد. در این مطالعه به منظور افزایش پایداری دمایی آمیلاز در جهت رسیدن به نوع صنعتی نوین وبهینه جدید، از روش in silico برای مدل سازی استفادهشد .مدل سه بعدی مربوط به آمیلاز Geobacillus stearothermophilus بوسیله الگوریتم Fold Recognition پیش بینی شد. برای این امر ابتدا توالیپروتئین به توالی فولدهای جدا تجزیه شده، سپس هر فولد با استفاده از فولد های کریستالوگرافی شده مشابه به صورت جداگانه مدل سازی گردی د. در پایانتمامی فولدها از طریقRigid Body Assembly به یکدیگر متصل شده و ساختار کامل ایجاد گردی د.سپس مدل پیش بینی شده به عنوان الگو برایالگوریتم PopMusicمورداستفاده قرار گرفت. با استفاده از جهش هدفمند، تغییر در هر جایگاه از جنبه پایداری دمایی اندازه گیری شد. براساس خروجیالگوریتم PopMusic، بهترین موقعیتهای جایگزینی شامل موارد زیرمی باشند :188 E به 473 K ،T به E و 476 E به Cبه ترتیب با افزایش03.6-، -6.06 و 14.5-درپایداری دمایی ابعاد DDG و263 G به E با تغییر 90.01-درابعادDDG. این مطالعه پیشنهاد می کند که این جهش های نقطه ای میتوانند جهت اهداف آزمایشگاهی با دقت قابل اتکا استفاده شوند.

کلیدواژه ها:

Geobacillus stearothermophilus ، آمیلاز ، In silico : پایداری دمایی ، مدل سازی

نویسندگان

رضا کربلایی

کمیته پژوهشی دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی

ابراهیم ترکتاز

گروه بیوتکنولوژی دانشکده علوم و فناوری های نوین دانشگاه اصفهان