سکتورهای پروتیینی در مارپیچ های آلفا: جستجوی نواحی بهم پیوسته متغیر در مارپیچ های آلفا

حفاظت توالی اسیدهای آمینه در پروتیین ها جهت بررسی نقش آنها در ساختار پروتیینی کاربرد فراوانی دارند. حفاظت توالی ها را می توان با اندازه گی ری و مقایسه وجود هر اسید آمینه در موقعیت خاص در مقایسه با حضور تصادفی این اسد آمینه در ای ن موقعی ت اندازه گی ری نمو د. ای ن راهکار جهت ی افتن موقعیت های حفاظت شده در آلفا هلیکس ها مورد استفاده قرار گرفته اند. علیرغم کاراآیی این روش، مواردی همچون برهمکنش و ارتباطات ب ین اس یدهای آمینه مجاور و حتی دور از هم را در نظر نمی گیرد .سکتورهای پروتیین که جدیدا به عنوان یک زیرساختار جدید در مطالعه ساختارهای پرو تیین ها مطرحشده است می تواند بخشی از این مشکلات را پاسخگو باشد. با استفاده از روش (Halabi et al, 2009) Halabi ما به بررسی نوا حی بس یار حفاظت شدههماهنگ در ساختار مارپیچ های آلفا پرداختیم. نتایج حاصله بیانگر درچه بالایی از حفاظت همزمان بین برخی موقعیت های مار پیچ ه ای آلفا می باشد درحالی که بسیاری از موقعیت ها چنین حفاظت تکاملی را نشان ندادند. این یافته ها می تواند جهت طراحی مار پیچ ای آلفا با اندازه دلخواه و نی ز مطالعاتمربوط به جهش زایی هدف دار به منظور تغییر خصوصیات مارپیچ ها کاربرد داشته باشد..

کلیدواژه ها:

همزمانی بین تغیررات اسید های آمینه ، موقعیت های حفاظت شده ، سکتور های پروتیینی