مقایسه عملکرد زبان برنامه نویسی C با FORTRAN برای مطابقت رشته های DNA با رابط موازی سازی OpenMP

سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 1,218

فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

ICESAL01_167

تاریخ نمایه سازی: 22 مهر 1394

چکیده مقاله:

در این مقاله سعی داریم, تا با استفاده از یک الگوریتم موازی به نام کامبت که زاتا یک الگوریتم سریال است را به نحوه که در ادامه به شرح آن می پردازیم، قسمتی های از الگوریتم را به صورت موازی با رابط موازی سازیOpenMP پیاده سازی کنیم, تا با استفاده از آن در سطح DNA پروتئین برای مطابقت رشته DNA در ناحیه کد , دو زبان برنامه نویسی FORTRAN و C را با رابط موازی سازی OpenMP مورد مقایسه قرار دهیم. اما هدف از ارائه این مقاله این است, که کدام یک زمان کمتری را برای مطابقت دو رشتهDNA ناحیه کد در سطح پروتئین ارائه می دهد.در حالی زمان اجرای برنامه در هر دو زبان با تعداد پردازنده ای متفاوت مورد بررسی قرار میگردند، تا در پایان این مقاله به هدف اصلی مورد نظرمان که، از کدام یک از این دو زبان در آزمایشات آینده برای مطابقت دو رشته DNA استفاده نماییم.

کلیدواژه ها:

زبان برنامه نویسیC / OpenMP ، FORTRAN/مطابقت رشته DNA

نویسندگان

میلاد قاسمزاده

دانشجو کارشناسی ارشد دانشگاه امام رضا(ع) - مشهد

عبدالرضا سوادی

استادیار دانشگاه فردوسی - مشهد

محمدزکی خاوری

دانشجو کارشناسی ارشد دانشگاه امام رضا(ع) - مشهد

امیررضا تقدیسی

دانشجو کارشناسی ارشد دانشگاه امام رضا(ع) - مشهد

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Levin, David. "DNA Computing". IEEE Computing in Science & Engineering ...
  • N. C. Jones and P. A Pevzner, An introduction to ...
  • E.W. Edmiston, N.G. Core, J.H. Saltz, and R.M. Smith, Parallel ...
  • X. Huang, A Space-Efficient Parallel Sequence Comparison Algorithm for aMes ...
  • S. Aluru and S. Rajko, Space and Time Optimal Parallel ...
  • B. Parhami, Introduction to Parallel Processing: Algorithms and Architectures , ...
  • Where did the BLOSUM62 aligment score matrix come from? Sean ...
  • The 5th National Biotechnology Congress of Iran 24-26 Nov, 2007, ...
  • Rohit Chandra, Ramesh Menon, David Kohr to Parallel Programming in ...
  • Gerassimos Barlas, Professor, Computer Science & Engineering Department, American University ...
  • Peter Pacheco, University of San Francisco, USA to Parallel Programming ...
  • Peter Pacheco, University of San Francisco, USA to At Introduction ...
  • نمایش کامل مراجع