پیش بینی تولید استات توسط اشریشیاکلی با استفاده از یک مدل متابولیکی مقیاس ژنوم

با مدل سازی و شبیه سازی عملکرد یک ریزاندامگان می توان به راهکارهای بهبود عملکرد سلول دست یافت. دراین تحقیق، با استفاده از ادغام داده های بیان ژن با یک مدل متابولیکی مقیاس ژنوم، یک الگوریتم به منظور پیش بینی تولید استات و یافتن ژن های موثر در تولید آن توسط اشریشیاکلی ارائه شده است. الگوریتم تولیداستات را در بازده رشد بین0/5و0/18 پیش بینی می کند و به خوبی می تواند محدودیت های منجر به تولید استات را شناسایی نماید. نتایج الگوریتم نشان می دهد که افزایش بیان سه ژنdld و nfsB ،ndhاز مسیر فسفریلاسیون اکسیداتیو بیشترین نقش را در کاهش تولید استات دارد. همچنین کاهش بیان ژن های ompFوnfsB و lamB ،ompC موثرتر از سایر ژن ها در کاهش تولید استات است

کلیدواژه ها:

اشریشیاکلی ، استات ، مدل متابولیکی ، آنالیز موازنه شار ، داده بیان ژن ، ژن های گلوگاهی