شناسایی فاکتورهای رونویسی موثر بر رشد ماهیچه اسکلتی در گاو با استفاده از داده های RNA-Seq

تکنیک RNA-Seq ابزار قدرتمندی در جهت تجزیه و تحلیل رونوشت های سلولی در بسیاری از زمینه های تحقیقاتی مورد استفاده قرار می گیرد. در سال های اخیر با استفاده از داده های حاصل از این تکنیک به بررسی روابط بین ژن ها به منظور فهم بهتر مکانیسم های پیچیده فیزیولوژیکی پرداخته شده است. در این مطالعه به بررسی روابط بین ژن های دخیل در فرآیند سنتز بافت ماهیچه اسکلتی به کمک دادهای حاصل از تکنیک توالی یابی رونوشت ها از بافت ماهیچه ای در حال رشد، پرداخته شده است. جهت رسیدن به این هدف از بسته stringgaussnet استفاده شد. نتایج حاصل از این پژوهش با پیاده سازی شبکه ترکیبی بر روی داده های ذکر شده، شش فاکتور رونویسی دخیل در این فرآیند را معرفی کرده است. این شش فاکتور رونویسی عبارتند از KLF4 ، FOXM1 ، FOS ، MYBL2 ، KLF10 و FOSB . نقش این فاکتورهای رونویسی در فرآیندهایی مانند تکثیر سلول های بنیادی و تمایز آنها، افزایش طول و ادغام سلول های ماهیچه ای، تکمیل مرحله تمایز و ادغام سلول های فیبر ماهیچه و تولید میوفیبر و کمک به حفظ خاصیت خود زایایی در سلول های بنیادی بافت ماهیچه اسکلتی شناسایی شده است. این ژن ها در تنظیم فعالیت های پایه ای سلول مانند تنظیم بیان ژن و رونویسی نیز دخالت داشتند. از این ژن ها می توان به عنوان مارکر در رابطه با تقویت تولید گوشت در برنامه های اصلاح نژادی بهره برد.

کلیدواژه ها:

، RNA-Seq ، فاکتورهای رونویسی ، شبکه تنظیم ژنی ، میوژنز