کشف مسیر در تعاملات پروتیین_پروتیین با استفاده از الگوریتم ژنتیک
سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 435
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
IECT01_023
تاریخ نمایه سازی: 5 آذر 1397
چکیده مقاله:
پروتیین ها اکثر فرآیندهای زیستی در یک سلول زنده را اجرا و کنترل می نمایند. مسیرهای بیولوژیکی نقش بسیارمهمی در درک فعالیت های سلولی برعهده دارند. برای پیدا کردن این مسیرها، لازم است اتصالات بین پروتیین ها جهت دارگردد. برای بررسی شبکه ها، آنها را به صورت گراف مدلسازی می کنیم. رابطه برهمکنش بین پروتیین ها (رفتار یکپروتیین بر پروتیین دیگر در آینده اثر می گذارد) به صورت گراف وزندار غیرجهتدار است. در این مقاله روشی را پیشنهادمی کنیم که بتواند با جهت یابی شبکه برهمکنش پروتیین_پروتیین، کوتاه ترین مسیر بین پروتیین ها را پیدا کند. در اینمقاله، با استفاده از الگوریتم جستجوی اول عمق، مسیرهای بین پروتیین ها را در مخمر پیدا می کنیم، سپس مدل ریاضیمسیله با کمک الگوریتم ژنتیک با توجه به خصوصیات مسیله حل شد و بهترین مسیر را پیدا کردیم. نتایج حاصل ازشبیه سازی این الگوریتم و مقایسه آن با روشهای RLOS, MRS نشان میدهد که الگوریتم پیشنهادی ما از لحاظ مقدارتابع هدف و وزن مسیر راهحل مناسبی برای جهت یابی است. برای اولین بار این الگوریتم را در داده های مخمر تست شد وبا موفقیت چند مسیر سیگنالینگ بیولوژیکی کشف شد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
حمیده طالبی مقدم
کارشناسی ارشد مهندسی نرم افزار، گروه مهندسی کامپیوتر، پردیس علوم و تحقیقات فارس، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران
فرزاد پیروی
دکترای تخصصی کامپیوتر- نرم افزار، گروه مهندسی کامپیوتر، مرودشت، دانشگاه آزاد اسلامی، مرودشت، ایران