کاوش ژنومی برای نشانه های انتخاب در جمعیت اسب های ترکمن و کرد

انتخاب صفات مهم اقتصادی سبب افزایش فراوانی جهش های مفید موثر بر این صفات در جمعیت هدف شده و این امر سبب ایجاد نشانه هایی در سطح ژنوم حیوانات شده است. پیشرفت های اخیر در زمینه تکنولوژی ژنومیکس و دسترسی به اطلاعات ژنومی منتج به توسعه روش ها و مدل های متفاوتی برای شناسایی نشانه های انتخاب در گونه های مختلف دام های اهلی شده است. در این تحقیق ردیابی نشانه های انتخاب در اسب های نژاد ترکمن و کرد با استفاده از 70000 نشانگر SNP انجام شد. برای این منظور 68 راس اسب ترکمن و 32 راس اسب کرد از هر نژاد انتخاب و تعیین ژنوتیپ شدند. بعد از کنترل کیفیت داده ها و بررسی ساختار جمعیت ها، 82 راس اسب با 49578 نشانگر تک نوکلیوتیدی جهت جستجوی نشانه های انتخاب استفاده شدند. برای ردیابی نشانه های انتخاب و بررسی تمایز بین جمعیتی از آزمون آماری Fst استفاده شد. با استفاده از این آزمون 6 منطقه ژنومی روی کروموزوم های 29، 12، 5 و 30 که ارزش نتایج آنها بالاتر از 0/1 درصد حد بالای توزیع تجربی تتا بود به عنوان مناطق کاندیدای انتخاب در هر دو نژاد شناسایی شدند. به منظور ارزیابی و شناسایی نشانه های انتخاب در این مناطق از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوتیپ توسعه یافته و طول عدم تعادل پیوستگی ژنی استفاده شد. نتایج آنالیز مناطق کاندیدای نشانه های انتخاب سبب شناسایی ژن های شده که این ژن ها در سیستم عصبی، متابولیسم سلولی، سیستم ایمنی، تقسیم سلولی، و تنظیم و بیان ژن موثر می باشند.

کلیدواژه ها:

کاوش ژنومی ، نشانه های انتخاب ، اسب