همسانه سازی، مطالعه بیوانفورماتیکی و بررسی بیان ژن سکوالن سینتاز 1 در شیرین بیان بومی ایران

شیرین بیان (Glycyrrhiza glabra L.)، یکی از مهمترین گیاهان دارویی است که دارای ترکیبات فعال زیستی مانند ساپونین تریترپنوییدها (گلیسیریزین) و فیتواسترول ها است. سکوالن سینتاز (Squalene Synthase)، آنزیم (EC 2.5.1.21) متصل به غشا است که دو مولکول فارنسیل دی-فسفات را به سکوالن تبدیل می کند. سکوالن پیش ماده اصلی بیوسنتز تری ترپن ها و استرول ها است. در این مطالعه توالی بیان کننده سکوالن سینتاز 1 شیرین بیان بومی ایران در وکتور pTZ57R/T همسانه سازی و ویژگی های بیوانفورماتیکی پلی پپتید با استفاده از نرم افزارها پیش بینی شد. cDNA سکوالن سینتاز1، 1242 جفت باز دارد و یک پلی پپتید 413 آمینو اسیدی را بیان می کند. بررسی های بیوانفورماتیکی نشان داد که پلی پپتید سکوالن سینتاز 1 شیرین بیان، بیشترین شباهت را با سکوالن سینتاز 1 جنس Glycyrrhiza دارد. بررسی جایگاه درون سلولی نشان داد که فعالیت پروتیین در ارتباط با شبکه آندوپلاسمی است. وزن مولکولی پروتیین47/3 کیلودالتون و نقطه ایزوالکتریک آن 8/18 است. در توالی آمینواسیدی دو ناحیه فراغشایی و دو بخش حفاظت شده مشخص شد. ساختار سه بعدی پروتیین با استفاده از نرم افزار I-TASSER پیشگویی شد. در ساختار پروتیین پیشگویی شده، مارپیچ فراغشایی، آمینواسیدهای آبگریز، توالی حفاظت شده و آمینواسیدهای سطح پروتیین با نرم افزار Chimera مشخص شد. الگوی بیان ژن سکوالن سینتاز 1 نشان داد که بیشترین و کمترین بیان به ترتیب مربوط به ریشه و اندام سبز گیاه است.

کلیدواژه ها:

ترپنویید ، RT-PCR کمی ، فیتواسترول ، گلیسیریزین ، Glycyrrhiza