مقایسه ناحیه های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلی مراز II در جداسازی گونه های Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae

در این پژوهش، 12 سویه بومی و 80 سویه از گونه های شناخته شده سه جنس Allophoma،Didymella  و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیه و تحلیل تبارزایشی جهت هم­سنجی ناحیه های ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی مراز در جداسازی گونه ها استفاده شدند. ناحیه های ژنی سویه های بومی با به کارگیری DNA استخراج شده از زیست توده میسیلیومی خشک انجمادی شده تکثیر و توالی یابی شدند. تجزیه و تحلیل تبارزایشی با به کارگیری الگوریتم درست نمائی بیشینه انجام شد. ناحیه های D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتیب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونه مربوط به سه جنس موردبررسی را جداسازی کردند. در تجزیه و تحلیل تبارزایشی ترکیب ناحیه های ژنی، همه توالی های ترکیبی (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزدیک به 49 گونه از 61 گونه موردبررسی را جدا کنند. نتیجه ها نشان دادند که برای شناسایی و جداسازی دقیق گونه های Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis، توالی یابی و تجزیه و تحلیل تبارزایشی سه ناحیه ITS، tub2 و rpb2 در کنار بررسی های ریخت شناسی نیازین است. چنانچه به خاطر محدودیت های مالی یا زمانی در یک پژوهش، تنها تکثیر و توالی یابی یک ناحیه دلخواه باشد، ژنtub2  یا rpb2 بهترین نتایج را ارائه می کنند.

کلیدواژه ها:

تجزیه و تحلیل تبارزایشی ، شناسایی گونه ، فیلوژنی تک ژنی و چندژنی