طراحی روشی جدید مبتنی بر ARMS PCR برای تشخیص ژنوتیپ پلی مورفیسم C/T 1562 در پروموتور ژن MMP-9

مقدمه: کلاژناز نوع- (MMP-9) یکی از مهم ترین ژن هایی است که به علت هضم کلاژن می تواند در جدایی سلول ها از بافت پایه و بدخیمی آنها نقش داشته باشد و به همین علت به عنوان یک تومور مارکر برای چنیدن سرطان مهم معرفی شده است. وجود پلی مرفیسم تک نکلئوتیدی C/T در ناحیه 1562 - پروموتوری این ژن، باعث افزایش بیان این ژن در سطح رونویسی ازطریق کاهش اتصال پروتئین های مهار کننده رونویسی در افراد واجد آلل T می گردد. با توجه به اهمیت این پل یمورفیسم، هدف تحقیق حاضر طراحی روشی برای تعیین ژنوتیپ افراد در این پل یمورفیسم، بدون استفاده از PCR-RFLP است. مواد و روش ها: با استفاده از سایت اطلاعات ژنی EPD توالی دو طرف منطقه موردنظر دریافت و نرم افزار PRIMER1 جهت طراحی چهار جفت پرایمر اختصاصی آلل برای دو طرف منطقه موردنظر استفاده شد. با انجام PCR های مختلف، دو جفت پرایمر بهتر انتخاب و ARMS PCR برای آنها بهینه سازی شد. برای تأیید نتایج PCR از تعیین توالی ( Sequencing) استفاه شد. نتایج: با استفاده از پرایمرهای طراحی شده، محصول PCR دارای طول 205 نوکلئوتید، نشانگر وجود آلل C و محصول دارای طول 253 نوکلئوتید، نشانگر وجود آلل T بود. نتیجه گیری: با استفاده از این تکنیک بدون نیاز به هضم آنزیمی RFLP و با سرعت و دقت بالا می توان ژنوتیپ افراد را با یک PCR اختصاصی ARMS مشخص کرد.

کلیدواژه ها:

و MMP-9 ، ، پلی مورفیسم ARMS PCR