بهینه سازی روش فنول کلروفرم سیلیکا برای استخراج DNA از نمونه های استخوان های قدیمی

مقدمه:استخراج DNA از نمونه استخوان های قدیمی همواره با مشکلات زیادی همراه است. روش فنول کلروفورم سیلیکا یکی از روش هایی است که به طور معمول برای این منظور استفاده می شود .در این مطالعه هدف بررسی و بهینه سازی مراحل این روش است. مواد و روش ها:DNA و 62 نمونه استخوان ( دارای عمر 3 تا 11 سال) ابتدا با روش فنول کلروفورم معمولی و سپس با تغییر بعضی پرامتر ها استخراج شد. DNA حاصل در 8 منطقه STR به نام های CD4, vWA, LPL, D5S818, D16S539, D13S317, F13, FES توسط واکنش PCR تکثیر شد و نتایج حاصل بر روی ژل اکریلامید مقایسه شد. نتایج:میانگین بازدهی واکنش PCR،برای روش جدید و روش معمولی در 8 منطقه پلی مورفیک ذکر شده به ترتیب 75% و 78% و 81% و 76% و 85% و 71% و 89% و 86% و 64% و 39% و 70% و 49% و 68% و 76% و 71% و 28% بود متوسط میزان DNA حاصل از روش بهینه شده ( در غلظت 35μl ذرات سیلیکا) و معمولی به ترتیب برابر 267/5μg/ml با خلوص 1/12 و 192/76μg/ml با خلوص 0/84 بود. نتیجه گیری:طبق یافته های این مطالعه به نظر می رسد تیمار طولانی تر با EDTA یکی از عوامل موثر حذف بهتر کلسیوم باشد و همچنین غلظت مناسب ذرات سیلیکا می تواند تاثیر مهمی در حذف مهار کننده های PCR داشته باشد.

کلیدواژه ها:

واکنش PCR ، پلی مورفیسم STR ، روش استخراج فنل کلرفرم سیلیکا