بررسی بیوانفورماتیکی توالی های EST سنبله گندم چینی بهاره تحت تنش شوری
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 8، شماره: 3
سال انتشار: 1395
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 401
فایل این مقاله در 18 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-8-3_003
تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398
چکیده مقاله:
تغییرات کارکرد ژنوم تحت شرایط تنش می تواند راهکاری برای درک بهتر سازوکارهای تحمل به تنش در گیاهان باشد. در این پژوهش سعی شده است تا با بررسی توالیهای EST دو کتابخانه کنترل و تنش شوری در گندم، تغییرات کارکردی ژنوم در تنش شوری و ژنهای موثر در تحمل به شوری شناسایی شوند. بدین منظور توالیهای EST از وبگاه هاروارد و Graingenes دریافت شدند. به منظور دسته بندی توالیهای EST، تعیین پروتئینهای مرتبط با یونیژنها (کانتیگها و سینگلتونها)، تعیین گروههای کارکردی و آزمونهای آماری، به ترتیب از بانک اطلاعاتی Egassembler، بلاست وبگاه NCBI، وبگاه موسسه ماکس پلانک و نرمافزار IDEG6 استفاده شد. نتایج نشان دهنده وجود اختلاف معنیدار بین 20 گروه کارکردی در شرایط کنترل و تنش شوری بود. در هر دو شرایط کنترل و تنش شوری، گروههای کارکردی پروتئین و RNA بیشترین و گروههای کارکردی متابولیسم کربوهیدرات اصلی، تبدیل مواد آلی و چرخه کربس کمترین فعالیت کارکردی ژنوم را نسبت به سایر گروههای کارکردی ژنوم به خود اختصاص دادند. تحت تنش شوری، فعالیت گروههای کارکردی سنتز ATP/ انتقال الکترون میتوکندریایی، متابولیسم چربی، اکسایش-کاهش، پروتئین، RNA، DNA و سلول افزایش یافت. بنابراین می توان پیشنهاد کرد که این گروههای کارکردی دارای نقش مهمی در مکانیسم پاسخ به تنش شوری هستند. تجزیه و تحلیل بیان ژن ها در شرایط کنترل و تنش شوری نشان داد 271 ژن دارای بیان افتراقی معنیدار بودند که در 23 گروه کارکردی مختلف قرار گرفتند. ژنهای شناسایی شده در این پژوهش میتوانند جهت دستورزی ژنتیکی با هدف بهبود تحمل به تنش شوری در گیاهان زراعی مورد استفاده قرار گیرند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
زهرا زینتی
استادیار بخش اگرواکولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی داراب.
عباس عالم زاده
دانشیار بخش زراعت واصلاح نبات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز.
اسماعیل ابراهیمی
دانشیار پژوهشکده بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :