شناسایی SNPها در نواحی اگزونی ژن های اوژنول O-متیل ترنسفراز و چاویکول O-متیل ترنسفراز در گیاه ریحان
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 10، شماره: 1
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 336
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-10-1_007
تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398
چکیده مقاله:
به منظور شناسایی تنوع های تک نوکلئوتیدی Single nucleotide polymorphism)) در ژن های اوژنول O-متیل ترنسفراز (EOMT) و چاویکول O-متیل ترنسفراز (CVOMT) در توده های مختلف ریحان از نشانگرهای CAPS (Cleaved amplified polymorphic sequences) و توالی یابی استفاده شد. قطعاتی با اندازه 571 و 908 جفت باز از نواحی کد کننده این دو ژن تکثیر و با آنزیم های برشی Pst1 و MseI هضم شد. آنزیم Pst1 در ژن EOMT دو قطعه با اندازه های480 و 91 جفت باز و در ژن CVOMT قطعاتی با اندازه های 621 و 287 جفت باز تولید میکند. برش قطعات تکثیری هر دو ژن با آنزیم Pst1 الگوهای مشابهی در 80 فرد تولید کرد. آنزیم MseI در این دو ژن به ترتیب قطعاتی با اندازه های 59، 135 و 377 جفت باز و 275، 302 و 331 جفت باز تولید میکند. برش قطعات تکثیر شده هر دو ژن با این آنزیم در افراد مورد مطالعه الگوهای برشی متنوعی تولید کرد. از هر نوع الگوی برشی یک نمونه انتخاب و توالی یابی شد. توالی ها با استفاده از نرم افزار Clustal Omega هم ردیف و SNP ها در هر کدام از ژنها شناسایی شدند. نتایج همردیفی نشان داد جهشهای همجنس TC و AG در ژن EOMT مشاهده میشود ولی جهشهای ناهمجنس در این ژن مشاهده نشد. در ژن CVOMT تبدیل بازهای AG، TC، AC و AT شناسایی گردید که بیشترین جهش مربوط به تبدیل بازهای AG بود. به طورکلی نتایج این تحقیق نشان داد که چندشکلی در نواحی اگزونی ژن های مورد مطالعه کم بوده و نواحی کد کننده این ژنها در طول تکامل ریحان محفوظ بوده است.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
مهدیه عزیزی
دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران.
بابک عبدالهی مندولکانی
دانشیار گروه اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :