تنوع نوکلئوتیدی ژن های مقاومت به زنگ قهوه ای در ژنوتیپ های مقاوم و حساس گندم نان

سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 449

فایل این مقاله در 24 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-10-2_010

تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398

چکیده مقاله:

زنگ قهوه­ای (Leaf rust) یکی از بیماری­های مهم گندم در سطح جهان است که اپیدمی آن منجر به کاهش عملکرد و کیفیت گندم نان می­شود. در این مطالعه، تغییرات ساختاری و تنوع نوکلئوتیدی ژن­های مقاومت به زنگ قهوه­ایLr1، Lr21، Lr51 وLr39  در هفت ژنوتیپ گندم نان با واکنش متفاوت به زنگ قهوه­ای بررسی گردید. ژن­های مقاومت به زنگ قهوه­ای و یا نواحی پیوسته با این ژن­ها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده بر اساس توالی­های موجود در بانک­های اطلاعاتی تکثیر شدند. قطعات تکثیری در باکتری E. coli همسانه­سازی و توالی­یابی گردیدند. هم­ردیف کردن توالی­ ژن­های مورد مطالعه با توالی­های موجود در بانک­ اطلاعاتی NCBI، شباهت بالای آن­ها را با توالی ژن­های مقاومت از جمله ژن­های خانواده NBS-LR و RGAها نشان داد. هم­ردیفی قطعات تکثیر شده از ژن­های مورد مطالعه با توالی­های موجود در NCBI نشان دهنده شباهت  قطعه تکثیر شده از ژن­ Lr51، با ژن agp2  بود. توالی ژن­­ Lr39 با ژن VRN1، مسئول بهاره­سازی در گندم زمستانه، 88 شباهت درصد داشت. نتایج بدست آمده از هم­ردیف کردن توالی­ها و گروه­بندی آن­ها، حاکی از وجود تغییرات ساختاری و تنوع نوکلئوتیدی این ژن­ها در ارقام مورد مطالعه بود. نسبت جایگزینی­های همنام به ناهمنام Ka/Ks)) در قطعات تکثیر شده از ژن Lr1 با استفاده از جفت آغازگرهای Lr1-2، Lr1-3 وLr1-4  و ژن­های Lr21 وLr39  کوچکتر از یک و نشان دهنده گزینش منفی برای جایگزینی یک اسیدآمینه در این ناحیه از این ژن­ها بود. در قطعه ژن تکثیر شده از ژن Lr1 با استفاده از جفت آغازگر Lr1-5 نسبت Ka/Ks بیشتر از یک و نشان دهنده گزینش مثبت یا گزینش در جهت ایجاد تنوع برای جایگزینی یک اسیدآمینه است. از نظر توالی­ ژن­های Lr1، Lr21، Lr39 وLr51، ژنوتیپ­های مورد مطالعه فقط از نظر چند نوکلئوتید تفاوت داشتند که براساس این تفاوت­های نوکلئوتیدی می­توان آغازگرهای اختصاصی مبتنی بر SNPها جهت شناسایی ژنوتیپ­های حساس و مقاوم طراحی کرد.

کلیدواژه ها:

زنگ قهوه ای ، تنوع نوکلئوتیدی ، ژن های مقاومت به بیماری

نویسندگان

رحیمه همتی گوگه

فارغ التحصیل کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

ابوالقاسم محمدی

استاد، گروه به نژادی و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

سعید اهری زاده

قطب علمی اصلاح مولکولی غلات، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Arumuganathan K, Earle D (1991). Nuclear DNA content of some ...
  • Ausemus ER, Harrington JB, Reitz LP, Worzella WW (1946). A ...
  • Benson BV, Nepal MP, Davison LG, Duwadi PB, Moore BG ...
  • Bent AF (1996). Plant disease resistance genes: Function meets structure. ...
  • Birnboim HC, Doly J (1979). A rapid alkaline procedure for ...
  • CIMMYT 2005. Laboratory Protocols: CIMMYT Applied Molecular Genetics Laboratory. Third ...
  • Cloutier S, McCallum BD, Loutre C, Banks TW, Wicker T, ...
  • Cohen SN, Chang ACY, Hsu L (1972). Non-chromosomal antibiotic resistance ...
  • Dyck PL, Kerber ER (1985). Resistance of the race- specific ...
  • Fu YB, Peterson GW, McCallum BD, Huang L (2010) Population ...
  • Feuillet C, Travella S, Stein N, Albar L, Nublat A, ...
  • Helguera M, Khan JA, Dubcovshy J (1999). Development of PCR ...
  • Helguera M, Vanzetti L, Soria M, Khan IA, Kolmer J, ...
  • Hommand–Kosak KE, Jones JDG (1997). Plant disease resistance genes. Plant ...
  • Huang L, Brooks SA, Li W, Fellers JP, Trick HN, ...
  • Jiang H, Wang C, Ping L, Tian D, Yang S ...
  • Kolmer JA (1996). Genetics of resistance to wheat leaf rust. ...
  • Kulmar S, Dudley J, Nei M, Tamura K (2008). MEGA: ...
  • Li W, Zhang P, Feliers JB, Friebe B, Gill BS ...
  • Ling HQ, Qiu J, Singh RP, Keller B (2004). Identification ...
  • Mains EB, Jakson MS (1923). Strains of the leaf rust ...
  • McVey DV (1989). Verification of infection–type data for identification of ...
  • Mayerse BC, Dickerman AW, Michelmore RW, Sivaramakrishnan S, Sobral BW, ...
  • Neelam K, Brown-Guedira G, Huang L (2013). Development and validation ...
  • Qiu J-W, Schurch AC, Yahiaoui N, Dong L-L, Fan H-J, ...
  • Rowland GC, Kerber ER (1974). Telocentric mapping in hexaploid wheat ...
  • Raupp WJ, Singh S, Brown–Guedira GL, Gill BS (2001). Cytogenetic ...
  • Rozas, J, Librado p,  Sánchez-DelBarrio V,  Messeguer X ,Rozas R ...
  • Saghai-Maroof MA, Soliman K, Jorgensen RA, RW Allard (1984). Ribosomal ...
  • Sambroski DJ (1973). Leaf rust of wheat in Canada in ...
  • Saitou N, Nei M (1987). The neighbor-joining method: a new method ...
  • Sekhwal M, Li P, Lam I, Wang X, Cloutier S, ...
  • نمایش کامل مراجع