ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

شناسایی واریانت های ژنتیکی در لاین آرین و بررسی عملکرد آنها با استفاده از توالی یابی کل ژنوم

محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 10، شماره: 3
سال انتشار: 1397
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 610

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/864846

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOAGK-10-3_004

تاریخ نمایه سازی: 20 خرداد 1398

چکیده مقاله:

هدف: مطالعه حاضر، اولین پژوهش برای شناسایی واریانت های ژنتیکی در لاین آرین با اطلاعات توالی یابی کل ژنوم است. مطالعه خصوصیات لاین آرین در سطح ژنوم، می تواند تفاوت های ژنتیکی آن را در ارتباط صفات مهم اقتصادی از جمله رشد شرح دهد. مواد و روش­ها: در این پژوهش، از اطلاعات توالی کل ژنوم سه قطعه مرغ آرین استفاده شد. نتایج: نتایج نشان داد که 63866 واریانت بین نمونه ها مشترک است که از این تعداد، 17604 واریانت به عنوان واریانت جدید برای اولین بار در این پژوهش گزارش شدند. همچنین، 604 واریانت در مناطق کدکننده ژنوم وجود دارند که از این تعداد، 204 واریانت منجر به تغییر در نوع آمینواسیدی پروتئین ها می گردند. با توجه به مهم بودن کیفیت پروتئین جیره برای رشد و افزایش وزن برای طیور، نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که مسیر کاتابولیسم پروتئین ها و مسیرهای تغییرات پس از ترجمه ی پروتئین های مرتبط با رشد دارای اهمیتی دوچندان هستند. همچنین، ژن های کاندیدایSMURF2  و SUMO1 برای این مسیرهای بیولوژیک پیشنهاد شد. یکی دیگر از نتایج قابل توجه ژن آنتولوژی، معنی دار شدن مسیرهای پاسخ به تنش بود. نتیجه­گیری: در لاین آرین به دلیل انتخاب شدید برای دستیابی به پیشرفت ژنتیکی بالا در صفات رشد، وجود تنش اجتناب ناپذیر است. بنابراین، معنی دار شدن مسیرهای پاسخ به تنش، می تواند نشان دهنده اهمیت این مسیرها در ارتباط با عملکرد مطلوب باشد. 

کلیدواژه ها:

لاین آرین ، توالی یابی کل ژنوم ، واریانت

نویسندگان

حامد خراتی کوپایی

دانشجوی دوره دکتری پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.

اسماعیل ابراهیمی

شیراز شیراز- کیلومتر۱۲ جاده شیراز اصفهان -منطقه باجگاه- دانشکده کشاورزی - گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشیار پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.

محمد دادپسند

دانشیار بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.

علی نیازی

استاد پژوهشکده زیست فناوری، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Alkan C, Coe BP, Eichler EE (2011). Genome structural variation ...
  • Axelsson E, Ratnakumar A, Arendt M, Maqbool K, Webster M, ...
  • Buysse K, Delle Chiaie B, Van Coster R, Loeys B, ...
  • Connerly PL (2010). How do proteins move through the golgi ...
  • Craig TJ, Henley JM (2012). Protein SUMOylation in spine structure ...
  • Dharmasiri S, Dharmasiri N, Hellmann H, Estelle M (2003). The ...
  • Dias, M. Cánovas A, Mantilla-Rojas C, Riley DG, Luna-Nevarez P, Coleman SJ, Speidel SE, Enns RM5, Islas-Trejo ...
  • Doan R, Cohen ND, Sawyer J, Ghaffari N, Johnson DC, ...
  • Elferink MG, Megens HJ, Vereijken A, Hu X, Crooijmans RPMA, ...
  • Fleming DS, Koltes JE, Markey AD, Schmidt CJ, Ashwell CM, ...
  • Gholami M, Erbe M, Garke C, Preisinger R, Weigend A, ...
  • Giaever G, Chu AM, Ni L, Connelly C, Riles L, ...
  • Groen AJ, Sancho-Andrés G, Breckels LM, Gatto L, Aniento F, ...
  • Kharrati-Koopaee H, Esmailizadeh AK (2014). SNPs Genotyping Technologies and Their ...
  • Lander ES, Waterman MS (1988). Genomic mapping by fingerprinting random ...
  • Mergner J, Kuster B, Schwechheimer C (2017). DENEDDYLASE1 Protein counters ...
  • Metzker ML (2010). Sequencing technologies - the next generation. Nature ...
  • Miller SA, Dykes DD, Polesky HF (1988). A simple salting-out ...
  • Moazeni S, Mohammadabadi MR, Sadeghi M, Shahrbabak H, Koshkoieh A, ...
  • Association of the melanocortin-3(MC3R) receptor gene with growth and reproductive traits in Mazandaran indigenous chicken [مقاله ژورنالی]
  • Mohammadabadi MR., Nikbakhti M, Mirzaee HR, Shandi A, Saghi DA, ...
  • Mudalal S, Babini E, Cavani C, Petracci M (2014). Quantity ...
  • Mukhopadhyay D, Riezman H (2007). Proteasome-independent functions of ubiquitin in ...
  • Rubin C, Zody M, Erikson J, Meadows J, Sherwood E, ...
  • Shahdadnejad N, Mohammadabadi MR, Shamsadini M (2016). Typing of Clostridium ...
  • Tibbles LA, Woodgett JR (1999). The stress-activated protein kinase pathways. Cellular ...
  • Xirodimas DP (2008). Novel substrates and functions for the ubiquitin-like ...
  • Zandi E, Mohammadabadi MR, Ezzatkhah M, Esmailizadeh AK (2014). Typing ...
  • Zhang H, Wang SZ, Wang ZP, Da Y, Wang N, ...
  • Zhu JY, Fu Y, Nettleton M, Richman A, Han Z ...
    • نمایش کامل مراجع