بررسی ویروس ابلقی میخک (CarMV) و آنالیز ژنومی یک جدایه ایرانی این ویروس (FUM2)

طی فصل های زمستان و بهار سال های 1386 و 1387، از گلخانه های اطراف مشهد و چناران تعداد 450 نمونه از گیاهان میخک که برگ های آنها دارای علایم رنگ پریدگی، ابلقی و بد شکلی بود، جمع آوری شد. با استفاده از آزمون ساندویچ دو طرفه الایزا نمونه های آلوده مشخص گردید.RNA ی کل گیاه با استفاده از محلول RNXTM (-Plus) از نمونه های جمع آوری شده استخراج گردید. کیت AccuPowerR RT Pre Mix Kit به همراه پرایمر اختصاصی برگشت هر دو قطعه مورد هدف جهت ساخت رشته cDNAی ویروسی به کار رفت. واکنش PCR نیز با استفاده از کیت AccupowerR PCR PreMix انجام شد. واکنش RT-PCR دو قطعه از ژنوم ویروس را به اندازه های تقریبی bp 1037 و bp 676 تکثیر کرد که جهت تعیین توالی محصولات PCR؛ مورد استفاده قرارگرفتند. توالی نوکلیوتیدی 3 ژن از قطعه bp 676 جدایه FUM2 با توالی نوکلیوتیدی 23 جدایه از سایر نقاط دنیا با کمک نرم افزارBioEdit و در ClustalW2 مقایسه و درخت فیلوژنتیکی رسم شد. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی جدایه ایرانی FUM2 در مقایسه با جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه مذکور در گروه I و در زیر گروه IA قرار می گیرد.

کلیدواژه ها:

ویروس ابلقی میخک (CarMV) ، FUM2 ، RT-PCR ، درخت فیلوژنتیکی ، تعیین توالی ، ایران