شناسایی و بررسی مولکولی ویروس موزاییک نیشکر (SCMV; virus mosaic Sugarcane ) در استان مازندران

ویروس موزاییک نیشکر (SCMV; virus mosaic Sugarcane (یکی از بیمارگرهای بسیار مهم و خسارتزا در مناطق کشت ذرت و نیشکر در دنیا است. به منظور ردیابی و شناسایی این ویروس، در سالهای 1393-1392 تعداد 45 نمونه مشکوک به آلودگی از مزارع نیشکر و ذرت در استان مازندران جمعآوری شد. در واکنش زنجیرهای پلیمراز با نسخهبرداری معکوس (PCR-RT, PCR-transcription Reverse (با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی مربوط به ژن پروتیین پوششی، قطعهای به طول900 جفت باز در 35 نمونه تکثیر گردید. محصول PCR مربوط به چهار جدایه پس از همسانهسازی در ناقل T-pTG19 ،توالییابی شده و با سایر توالیهای موجود در بانک ژن مقایسه گردید. در آنالیز فیلوژنتیکی، توالی نوکلیوتیدی 36جدایه ویروس موزاییک نیشکر در دو گروه ( I و II (و چهار زیر گروه قرار گرفتند و جدایههای مازندران نیز در کنار جدایه های خوزستان و مصر در زیرگروه IA قرار گرفتند. آنالیز فیلوژنتیکی جدایههای تعیین توالی شده در ناحیه ژنی پروتیین پوششی نشان داد که چهار جدایه مازندران با سایر جدایههای ویروس موزاییک نیشکر بین 78 تا 99 % در سطح نوکلیوتیدی مشابهت دارند که بیشترین شباهت با جدایه 1-EGY7 از مصر (بین 6/97 تا 99 (% و جدایههای khzQ86 و khzL66 از خوزستان در ایران (بین 6/96 تا 8/98 (% و کمترین شباهت با جدایه BD8 از چین (بین 78 تا 8/78 (% میباشد. همچنین تشابه توالی نوکلیوتیدی و آمینواسیدی این چهار جدایه با یکدیگر به ترتیب بین 9/98-97 و 100-3/99 % تعیین گردید. این اولین گزارش از وجود SCMV در استان مازندران براساس ژن پروتیین پوششی است.

کلیدواژه ها:

آنالیز فیلوژنتیکی ، ذرت و نیشکر ، ژن پروتیین پوششی ، مازندران ، ویروس موزاییک نیشکر