بررسی بیوانفورماتیک ژن های خانه دار در افتراق مایکوباکتریوم های سریع الرشد

سال انتشار: 1396
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 361

فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_NNJ-20-63_003

تاریخ نمایه سازی: 17 تیر 1398

چکیده مقاله:

مقدمه:مایکوباکتریوم های سریع الرشد (RGM: Rapid Growing Mycobacterium) قادر هستند عفونت های ریوی، لنفاوی، پوست و بافت نرم را در انسان به وجود آورند. ما می توانیم با استفاده از ژن های خانه دار، این گروه از باکتری ها را شناسایی کنیم. در این ارتباط، هدف از پژوهش حاضر مقایسه و ارزیابی سه ژن خانه دار در شناسایی و طبقه بندی برخی از مایکوباکتریوم های سریع الرشد با استفاده از درخت فیلوژنیک بود.   مواد و روش ها:برای انجام این مطالعه ابتدا توالی های سه ژن 16SrRNA، hsp65و rpoBبرای 10 گونه سریع الرشد مایکوباکتریومی از پایگاه های NCBI (National Center for BiotechnologyInformation)، RDP (RemoteDesktopProtocol) و EMBL (EuropeanMolecularBiologyLaboratory) دریافت شد. سپس این توالی ها توسط نرم افزار CustalWهم طراز گردیدند و درخت فیلوژنیک با استفاده از برنامه MEGA5ترسیم گشت. یافته ها:بر مبنای نتایج، الگوی شناسایی و افتراق هر ژن متفاوت بود. ژن 16SrRNAقادر به شناسایی و افتراق مایکوباکتریوم های سریع الرشد بیماری زایی چون مایکوباکتریوم آبسسوس (Abscessus) و چلونه (Chelonei) نبود. به طور کلی، ژن rpoBنسبت به سایر ژن ها بهتر عمل کرد؛ اگرچه قادر به شناسایی مایکوباکتریوم نووکاسترنس (novocastrense) نبود. نتیجه گیری:به منظور شناسایی کامل و صحیح مایکوباکتریوم های سریع الرشد باید هر سه ژن 16SrRNA، rpoBو hsp65به طور همزمان مورد مطالعه قرار گیرند.

نویسندگان

مسعود کیخا

دانشجوی کارشناسی ارشد. گروه میکروب شناسی پزشکی. دانشکده پزشکی. دانشگاه علوم پزشکی اصفهان. اصفهان. ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Adékambi T, Drancourt M. Dissection of phylogeneticrelationships among 19 rapidly ...
  • Panagiotou M, Papaioannou AI, Kostikas K,Paraskeua M, Velentza E, Kanellopoulou ...
  • Khaledi A, Bahador A, Esmaeili D, Ghazvini K.Prevalence of nontuberculous ...
  • Azadi D, Shojaei H. The role of the laboratory in ...
  • Shamaei M, Marjani M, Farnia P, Tabarsi P, MansouriD. Human ...
  • Brown TH. The rapidly growing mycobacteria--Mycobacterium fortuitum and Mycobacteriumchelonei. Infect ...
  • Silcox VA, Good RC, Floyd MM. Identification ofclinically significant Mycobacterium ...
  • Nessar R, Cambau E, Reyrat JM, Murray A, GicquelB. Mycobacterium ...
  • Williams K, Ling C, Jenkins C, Gillespie SH,McHugh TD. A ...
  • Clarridge JE 3rd. Impact of 16S rRNA gene sequenceanalysis for ...
  • Roth A, Fischer M, Hamid ME, Michalke S, Ludwig W, ...
  • Martens M, Dawyndt P, Coopman R, Gillis M, DeVos P, ...
  • De Groote MA, Huitt G. Infections due to rapidlygrowing mycobacteria. ...
  • Steingrube VA, Gibson JL, Brown BA, Zhang Y,Wilson RW, Rajagopalan ...
  • Dai J, Chen Y, Dean S, Morris JG, Salfinger M,Johnson ...
  • Nasiri MJ, Shahraki AH, Fooladi AA, Dabiri H,Feizabadi MM. rpoB ...
  • Hashemi SA, Zaker BS. Identification of potentiallypathogenic Nontuberculous mycobacteria isolatedfrom ...
  • Gevers D, Cohan FM, Lawrence JG, Spratt BG,Coenye T, Feil ...
  • Paniz-Mondolfi A, Ladutko L, Brown-Elliott BA,Vasireddy R, Vasireddy S, Wallace ...
  • Salehipour M, Zaker BS, Rezaei S, Hashemi SA.Species spectrum of ...
  • Macheras E, Konjek J, Roux AL, Thiberge JM,Bastian S, Leão ...
  • نمایش کامل مراجع