بررسی کارایی پایگاه MPGR در مقایسه همترازی و ارزیابی توالی های ژنومی گیاهان دارویی

پایگاه اطلاعات گیاهان دارویی Medicinal Plant Genomics Resource به اختصار MPGR در حال حاضر یکی از جدیدترین پایگاه های آنالیز توالی های ژنومی در گیاهان دارویی است که برای ارزیابی ژنوم و مقایسه همترازی در گیاهان دارویی توسط دانشگاه میشیگان توسعه یافته است. این پایگاه اطلاعاتی با استفاده از ماتریس های جایگزینی PAM و BLOSUM برای یک جستار تعریف شده در ارتباط با ژنوم گیاهان دارویی اقدام به انجام مقایسه همترازی می نماید و به صورت کاملا اختصاصی با استفاده از ماتریس های جایگزینی 4*4 (برای توالی های DNA) و 20*20 ( برای تولی های پروتئین) سیستم مقایسه ای بسیار مناسبی در ارتباط با ژنوم گیاهان دارویی فراهم اوره است. اطلاعات ژنومی و متابولومی موجود در این پایگاه در ارتباط با 100 نوع گیاه دارویی می باشد که در اکثر نقاط جهان رشد می نمایند. استفاده از الگوریتم های نیلدمن- ونسچ و اسمیث-واترمن در جستجوی دینامیک توالی های ژنومی و مقایسه همترازی انها بر اختصاصی بودن این پایگاه در ارتباط با آنالیز توالی های ژنومی گیاهان دارویی به وضوح مشاهده می گردد. در حال حاضر در این پایگاه برای 14 گونه از گیاهان دارویی مقایسات ژنومی با استفاده از شبکه های هوش مصنوعی در دسترس می باشد و می توان با استفاده از اطلاعات مندیج در این پایگاه مطالعات اختصاصی تری را در ارتباط با گیاهان دارویی انجام داد. به هر حال هدف از نگارش پژوهش حاضر بررسی دانش بیوانفورماتیک در حوزه گیاهان دارویی و مطالعات متابولومیکس می باشد . با این پیشفرض که بیوانفورماتیک علم سال های آینده می باشد می توان با افزایش کاربرد این دانش در حوزه گیاهان دارویی به صورت کاملا پیشرفته به ماهیت عملکردی گیاهان دارویی و ترکیبات موثره موجود در این گیاهان که کاربردهای دارویی فراوانی نیز دارند ، دست یافت.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، متابولومیکس ، گیاهان دارویی