مقایسه دو روش استخراج DNAجهت ردیابی ژنوم باکتری لیستریا مونوسیتوژنز در نمونه های سبزیجات

سابقه و هدف: لیستریا مونوسیتوژنز از جمله عوامل مهم پاتوژن غذازاد می باشد که میتواند منجر به سپتی سمی و مننژیت در بزرگسالان و کودکان و سقط در خانم های باردار گردد. تشخیص این باکتری به روش های مرسوم میکروبیولوژی زمان بر بوده و نیاز به تست های متعدد بیو شیمیایی دارد. روش های مولکولی از جمله PCR در زمان کوتاه تر منجر به تایید قطعی باکتری میگردد . از طرفی کارایی PCR تا حد زیادی به روش های استخراج DNA وابسته می باشد . هدف از این مطالعه بررسی کیفیت DNA استخراج شده از جدایه های لیستریا مونوسیتوژنز با دو روش جوشاندن و کیت استخراج DNA شرکت Roche می باشد . مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی تجربی جدایه های لیستریا مونوسیتوزنز حاصل از کشت نمونه های سبزیجات در محیط پالکام آگار بود . در روش جوشاندن جهت استخراج DNA از کلونی های خالص روی پلیت پالکام آگار استفاده گردید . کلونی های مذکور در 200 میکرولیتر آب مقطر استریل حل گردید و به مدت 10 دقیقه در دمای 95 درجه سانتی گراد حرارت داده شد . پس از سانتریفیوژ در10000rpm به مدت10 دقیقه از مایع رویی جهت Multiplex-PCR(m-PCR) استفاده گردید. جهت استخراج DNA با استفاده از کیت از کشت 24 ساعته کلونی های تایید شده در محیط نوترینت براث طبق دستورالعمل کیت استفاده شد . کیفیت DNA استخراج شده با بررسی میزان جذب نمونه ها در طول موج های 260 و 280 نانومتر با دستگاه نانودراپ صورت گرفت . در ادامه از پرایمر های اختصاصی جنس و گونه لیستریا مونوسیتوزنز جهت انجام m- PCR استفاده گردید. یافته ها: روش جوشاندن هزینه کمتر و زمان کوتاه تری نسبت به روش کیت داشت . نتایج نانو دراپ نشان داد که خلوص DNA استخراج شده در نمونه های استخراج شده با روش کیت بالاتر از جوشاندن بود . DNA های استخراج شده به هر دو روش در PCR m- دارای باند های مورد نظر جنس و گونه لیستریا مونوسیتوژنز بودند. اما موارد استخراج شده به روش جوشاندن ، باند های قویتری داشتند . نتیجه گیری: از آنجاییکه DNA استخراجی به هر دو روش در m-PCR کارآیی لازم را داشتند. از اینرو، با توجه به هزینه بالاتر و زمان طولانی تر روش کیت ، استفاده از روش جوشاندن جهت استخراج DNA از کلونی های تایید شده توصیه میگردد .

کلیدواژه ها:

استخراج DNA ، PCR ، لیستریا مونوسیتوژنز