مطالعه نواحی پالیندرومی در ژنوم برنج با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک

از آنجا که ژنوم برنج به طور کامل توالی یابی شده است،امکان کاوش این ژنوم با ابزار بیوانفورماتیک جهت یافتن نواحی خاص باخصوصیات معین وجود دارد.به همین منظور مطالعه ای باهدف جستجو وغربال کل ژنوم برنچ برای شناسایی نواحی پالیندرومی،تعیین موقعیت فیزیکی نواحی پالیندرومی در ژنوم،تعیین فراوانی نواحی پالیندرومی درهر کروموزوم ومطالعه پراکنش نواحی پالیندرومی در مناطق بین ژنی و نواحی رمز کننده ژنوم انجام شد. دستورات مناسب در نرم افزار آماری R با لحاظ پارامترهای خاص نوشته شد و ژنوم برنج کاووش گردید. نتایج نشان داد که به طور کلی فراوانی نواحی پالیندروم در ژنوم برنج بالا بوده و هر کروموزوم دارای فراوانی متفاوتی از پالیندروم ها می باشد به طوری که کروموزوم 1 بیشترین و کروموزوم 12 کمترین فراوانی پالیندروم را دارد. همچنین مشخص شد که به طور میانگین نواحی پالیندرومی هر کروموزوم با حدود 20% ژن های همان کروکوزوم همپوشانی دارند که این همپوشانی ها در نواحی تنظیمی ژن ها، نقاط اگزونی و نقاط اینترونی پراکنده شده است. علاوه بر آن نتایج نشان داد که کروموزوم های مختلف دارای شاخص های تراکم متفاوتی می باشند به طوری که کروموزوم 8 بیشترین ( 41/8 پالیندروم بر سانتی مورگان ) و کروموزوم 3 کمترین ( 33/ بر سانتی مورگان ) میزان شاخص تراکم را دارا می باشد. بر اساس نتایج این تحقیق می توان نتیجه گیری نمود که ژنوم برنج مملو از نواحی پالیندروم بوده که گوناگونی بیشتر آن را در طی تکامل رقم زده اند.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، کوروموزوم ، پالیندروم ، برنج ، ژنوم