بهینه سازی روش استخراج RNAو RT-PCR به منظور آشکارسازی ویروس لکهحلقوی بافت مرده هسته دارها در بادام

بادامPrunus dulcisیکی از مهمترین محصولهای باغی از نظر اقتصادی و سطح زیر کشت در ایران است، به گونهای که ایران در تولید بادام مقام سوم جهان را به خود اختصاص داده است. تعدادی از بیماریهای ویروسی از جمله بیماری ویروسی لکه حلقوی بافت مرده هستهدارها میتوانند خسارت اقتصادی زیادی به این محصول وارد کنند. با توجه به خساراتی که هر ساله این ویروس به درختان بادام وارد میکند و اهمیت شناخت صحیح و دقیق پایههای اصلاحی سالم، این مطالعه با هدف بهینه سازی آشکارسازی ویروس لکهحلقوی بافت مرده هستهدارها انجام گردید. بدین منظور تعداد 60 درخت بادام انتخاب شد و نمونه های برگی آنها جمع آوری گردید RNAکل ژنومی با استفاده از چهار روش استخراج شدRNAاستخراج شده با روش کلریدلیتیم کیفیت و کمیت مناسبی داشت و به طور موفقیت آمیزی در واکنش RT-PCRقابل تکثیر بود. مشخص گردید بافت گلبرگ و بساک برای آشکارسازی ویروس مناسبتر از بافت برگی میباشند. از بین پنج جفت آغازگر مورد بررسی، تنها دو جفت آغازگر P1 و P 5توانایی تکثیر قطعه مورد نظر را در واکنش RT-PCRداشتند. اثرات فاکتورهای دیگری مانند غلظتهای مختلف کلریدمنیزیم و رقتهای مختلف cDNAدر بهبود آشکارسازی این ویروس مورد بررسی قرار گرفت. باوجود اینکه استخراج مستقیمRNA کل از درختان هستهدار امری مشکل است، اما با بهینه کردن شرایط لازم برای RT-PCRتشخیص مطمئن بیماری ممکن شد.

کلیدواژه ها:

استخراجRNA ، بادام ، ویروس لکهحلقوی بافت مرده هسته دارها RT-PCR