ژنوم ویروس موزائیک جنوبی مرغ در مقایسه با CP-UTR روند تغییرات و تشابه نوکلئوتیدی در ناحیهسایر پوتی ویروسهای تیره گندمیان

پوتی ویروسهای غلات از مهمترین ویروسهای آلوده کننده غلات در جهان محسوب میشوند. تاکنون چندین ویروس از این و (Maize dwarf mosaic virus, MDMV) گروه در ایران گزارش شده است. از بین آنها دو ویروس موزائیک کوتولگی ذرتبترتیب از شمال و جنوب ایران گزارش شده اند که (Bermuda grass southern mosaic virus, BgSMV) موزائیک جنوبی مرغ با سایر پوتی ویروسهای غلات، ترادف BgSMV تشابه زیادی با یکدیگر دارند. برای درک درست از روند تغییرات و تشابه نوکلئوتیدیهمسانه سازی و ترادف یابی شد و مشابهت آنها بوسیله نرم افزار ،RT-PCR چند جدایه آن به طریق CP-UTR نوکلئوتیدی ناحیه BgSMV نسبت به سایر پوتی ویروسهای غلات قرابت بیشتری با MDMV بررسی گردید. نتایج بدست آمده نشان داد که SimPlot در دو ویروس فوق بسیار نزدیک است. از طرف 5́ به 3́ میزان شباهت CP-UTR دارد. روند تغییرات و مشابهت نوکلئوتیدی در ناحیه افزایش پیدا میکند و در موقعیت نوکلئوتیدی 700 به بالاترین حد خود میرسد و سپس بتدریج کاهش مییابد. بنابراین قسمتهای ناحیه بسیار متغیر است. مقایسه ترادف دو ویروس نشان CP موقعیت 550 تا 750 حفاظت شده ترین ناحیه و قسمت  5 ژن ،CP میانیدارد. در آنالیز فیلوژنتیک، شاخه های MDMV بیشتر از ( CP 90 نوکلئوتید در این ناحیه (ابتدای ژن BgSMV میدهد که قرابت دارد. بررسیها حاکی از وجود قطعه ای مشابه این SrMV شاخه مشترکی تشکیل میدهند که با MDMV با BgSMVاین قطعه در اجداد (deletion) در موقعیت مشابه میباشد. این مسئله نشان دهنده وقوع حذف SrMV قطعه 90 نوکلئوتیدی، در بدلیل تکثیر غیر جنسی میزبان مرغ کمتر دستخوش تغییرات بوده است. BgSMV میباشد، ولی در MDMV

کلیدواژه ها:

SimPlot ، پوتی ویروس ، تشابه نوکلئوتیدی