مطابقت رشته های DNA با استفاده از زبان برنامه نویسی FORTRAN و بر پایه رابط موازی سازی OpenMP

در این مقاله سعی دارد تا با استفاده از الگوریتم موازی در سطح DNA پروتئین برای مطابقت در رشته های DNA را موردبررسی قرار دهد، و یک الگوریتم جدید به نام کامیت که زاتا یک الگوریتم سریال است را به نحوی که در مقاله به بیانعملکرد آن می پردازد که قسمت های از الگوریتم, را به صورت موازی با رابط موازی سازی OpenMP پیاده سازی کند. تا بااستفاده از آن بتواند مطابقت رشته های DNA در سطح DNA پروتئین از لحاظ زمان اجرای برنامه و Speed-up حاصلاز اجرا آن بروی تعاد پردازنده های متفاوت , نسبت به الگوریتم های دیگری که به حالت ایده آل نزدیک تر باشد را ارائهکند, و اهداف اصلی که از ارائه این مقاله مد نظر است که بتوان ارائه یک روش کارآمد در تطبیق رشته های DNA و بیاناینکه الگوریتم مذبور در زبان برنامه نویسی FORTRAN با رابط موازی سازی OpenMP با چه تعاد پردازنده عملکردبهتری خواهد داشت.

کلیدواژه ها:

مطابقت رشته DNA الگوریتم موازی Speed-up ، Open MP ، FORTRAN