شناسایی نشانگرهای بیوشیمیایی برتر مرتبط با تحمل به شوری در گندم با استفاده از داده-کاوی
عنوان مقاله: شناسایی نشانگرهای بیوشیمیایی برتر مرتبط با تحمل به شوری در گندم با استفاده از داده-کاوی
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-10-4_004
منتشر شده در شماره 4 دوره 10 فصل در سال 1397
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-10-4_004
منتشر شده در شماره 4 دوره 10 فصل در سال 1397
مشخصات نویسندگان مقاله:
زهرا زینتی - استادیار، بخش اگرواکولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی داراب، دانشگاه شیراز، ایران
عباس عالم زاده - نویسنده مسئول، دانشیار، بخش زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، ایران
خلاصه مقاله:
زهرا زینتی - استادیار، بخش اگرواکولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی داراب، دانشگاه شیراز، ایران
عباس عالم زاده - نویسنده مسئول، دانشیار، بخش زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، ایران
هدف: شناسایی مسیرهای موثر در ایجاد تحمل نسبت به تنش شوری یکی از مباحث جذاب در علوم گیاهی است که در این راستا روشهای جدید دادهکاوی نگرش جدیدی برای محققان ایجاد کرده است. در این پژوهش، الگوریتمهای انتخاب ویژگی (feature selection) و درخت تصمیمگیری (decision tree, DT) به منظور شناسایی نشانگرهای بیوشیمیایی در تحمل به شوری استفاده شد. مواد و روشها: در این راستا، به منظور بررسی برخی نشانگرهای بیوشیمیایی از جمله میزان پروتئین، آنزیمهای آنتیاکسیدانی سوپراکسید دیسموتاز، پراکسیداز، کاتالاز، آسکوربات پراکسیداز، پرولین، میزان سدیم و پتاسیم در ارقام گندم و خویشاوند وحشی آنAegilops crassa ، آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار انجام شد. فاکتورهای آزمایشی شامل ژنوتیپ (ارقام گندم زراعی ارگ (مقاوم به شوری) و الموت (حساس به شوری)، و یک خویشاوند وحشی (Ae. crassa)) و تنش شوری (کلرید سدیم mM150 و mM 0) بودند. نتایج: نتایج این دو راهکار نشان داد که ترکیب سلسله مراتبی پرولین، سوپراکسید دیسموتاز و آسکوربات پراکسیداز میتواند به عنوان نشانگرهای بیوشیمیایی برای انتخاب ژنوتیپ متحمل به تنش شوری استفاده گردد. دو درخت تصمیمگیری دارای بیشترین کارایی در پیشبینی ژنوتیپ حساس و متحمل بودند. این درختهای تصمیمگیری عبارت بودند از مدل درخت تصمیمگیری Ratio DT Parallel Gain با کارایی 5/97 درصد که روی پایگاه دادهای Info Gain Ratio اجرا شد و دیگری DT Gain Ratio با کارایی 67/91 درصد که روی پایگاه دادهای Ruleاجرا شد. نتیجه گیری: در مجموع، نتایج حاصله بیانگر آن بود که تلفیق مطالعات بیوانفورماتیک و آزمایشگاهی میتواند منجر به شناسایی مسیرهای مرتبط با تنش شوری و فهم بهتر مکانیسمهای کنترل کننده تحمل به تنش شود.
کلمات کلیدی: انتخاب ویژگی, درخت تصمیم گیری, گندم, نشانگرهای بیوشیمیایی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864810/