صحت ارزیابی ژنومی با در نظر گرفتن اثر متقابل بین روش آماری برآورد آثار نشانگری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت
عنوان مقاله: صحت ارزیابی ژنومی با در نظر گرفتن اثر متقابل بین روش آماری برآورد آثار نشانگری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت
شناسه ملی مقاله: JR_ARGU-10-2_001
منتشر شده در در سال 1400
شناسه ملی مقاله: JR_ARGU-10-2_001
منتشر شده در در سال 1400
مشخصات نویسندگان مقاله:
عباس عاطفی - Former Ph.D. Student in Animal Breeding and Genetics, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
عبدالاحد شادپرور - Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
نوید قوی حسین زاده - Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
خلاصه مقاله:
عباس عاطفی - Former Ph.D. Student in Animal Breeding and Genetics, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
عبدالاحد شادپرور - Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
نوید قوی حسین زاده - Professor, Department of Animal Science, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan, Rasht, Iran
هدف تحقیق حاضر بررسی اثر متقابل بین روشهای برآورد آثار نشانگری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت بر صحت ارزیابی ژنومی بود. جمعیت پایهای با دو اندازه موثر ۱۰۰ و ۵۰۰ فرد به وسیله نرم افزار QMSim شبیهسازی شد. تعداد ۵۰۰ نشانگر و دو تعداد متفاوت جایگاههای کنترل کننده صفات کمی یا QTL ( ۵۰ و ۲۰۰) روی ژنوم متشکل از یک کروموزوم به طول ۱۰۰ سانتیمورگان بهطور تصادفی پراکنده شدند. در پژوهش حاضر، سه صفت با وراثت پذیری ۱/۰ ، ۳/۰ و ۵/۰ شبیهسازی شد. ارزشهای اصلاحی ژنومی به وسیله روشهای رگرسیون ریج بیزی، بیز A، بیز B، بیز C، بیز LASSO، روش نیمه پارامتری بر پایه کرنل و شبکههای عصبی پیشبینی شدند. در هر سه میزان وراثت پذیری، با افزایش اندازه موثر جمعیت، صحت برآوردهای ژنومی کاهش یافت، ولی شدت آن برای روشهای آماری یکسان نبود. در وراثت پذیری پایین، با افزایش تعداد QTL، میزان صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی افزایش یافت. بر عکس، میزان صحت ارزشهای اصلاحی در وراثت پذیری متوسط و بالا کاهش یافت. در صفات با توزیع یکنواخت QTLها، با افزایش تعداد QTL، مقدار صحت ارزیابی ژنومی کاهش، ولی افزایش تعداد QTL در صفاتی که QTLهای آنها دارای توزیع نرمال و گاما بود، منجر به افزایش صحت شد. در هر سه نوع توزیع یکنواخت، نرمال و گاما، میزان صحت با افزایش اندازه موثر جمعیت کاهش یافت. نتایج پژوهش حاضر آثار متقابل بین روشهای آماری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت را بر صحت ارزیابی ژنومی به وضوح نشان میدهد.
کلمات کلیدی: Interaction effect, Genomic selection, population structure, Prediction accuracy, Trait genetic architecture
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/1602465/