ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی
عنوان مقاله: ارزیابی ساختار ژنتیکی شتر با استفاده از روش های PCA و خوشه بندی سلسله مراتبی
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-8-3_006
منتشر شده در شماره 3 دوره 8 فصل در سال 1395
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-8-3_006
منتشر شده در شماره 3 دوره 8 فصل در سال 1395
مشخصات نویسندگان مقاله:
مهرداد قاسمی میمندی - دانش اموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنرکرمان
محمدرضا محمدآبادی - استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان، ایران
مهدیه منتظری - دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران/ انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.
خلاصه مقاله:
مهرداد قاسمی میمندی - دانش اموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنرکرمان
محمدرضا محمدآبادی - استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر، کرمان، ایران
مهدیه منتظری - دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران/ انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران.
الگوهای حاصل از دادههای مولکولی میتوانند جهت شناسایی ارتباط میان جمعیتهای یک گونه به کار گرفته شوند. در ایران، شتر به عنوان یکی از منابع مهم جهت تامین شیر، گوشت و الیاف کاربرد گستردهای دارد. با استفاده از 8 جفت نشانگر ریزماهواره (YWLL08، VOLP03، VOLP08، YWLL38، CVR01، YWLL44، VOLP32 وVOLP67 ) ساختار و فاصله ژنتیکی جمعیت 81 نفره شتر، ارزیابی گردید. با استفاده از روش نمکی بهینه یافته، DNA ژنومی شترها استخراج و تکثیر جایگاههای ریزماهواره از طریق واکنش زنجیرهای پلیمراز با موفقیت انجام شد و فرآوردههای حاصل روی ژل پلیآکریلآمید 8% واسرشتهساز الکتروفورز شدند. بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت شهربابک و صحرای جهاد (56/0) و کمترین آن بین دو جمعیت رفسنجان (11/0) مشاهده گردید. نتایج PCA به بهترین شکل تعداد گروههای ژنتیکی موجود در مجموعه دادهها را توجیه کرد و نشان داد که کل نمونهها به 3 مولفه اصلی تفکیک شدند. همچنین نتایج خوشهبندی سلسله مراتبی نشان داد که در اولین سطح خوشهبندی، جمعیتهای شهربابک، رفسنجان 1 و رفسنجان 2 در خوشه مشترکی قرار دارند و جمعیت شمشیرآباد خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالیکه جمعیت صحرای جهاد در یک خوشه کاملا مستقل قرار گرفته است. در کل نتایج حاصل از این مطالعه نشان دهنده مطابقت خوشهبندی ژنتیکی جمعیتها با فواصل جغرافیایی آنهاست.
کلمات کلیدی: شتر, تجزیه و تحلیل مولفه های اصلی, خوشه بندی سلسله مراتبی, فاصله ژنتیکی
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864908/