تعیین ساختار ژنتیکی به کمک توالی یابی در گیاهان زینتی

لیلا سمیعی; هانیه هادیزاده

تعیین ساختار ژنتیکی به کمک توالی یابی در گیاهان زینتی

محل انتشار: دوفصلنامه گل و گیاهان زینتی، دوره: 6، شماره: 2

سال انتشار: 1400

نوع سند: مقاله ژورنالی

زبان: فارسی

مشاهده: 237

فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

دریافت فایل کامل مقاله

صدور گواهی نمایه سازی
من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

https://civilica.com/doc/1424137

شناسه ملی سند علمی:

JR_FLOWER-6-2_002

تاریخ نمایه سازی: 17 فروردین 1401

چکیده مقاله:

بهنژادی مولکولی برای بسیاری از گیاهان زینتی با چالش های زیادی ازجمله اندازه بزرگ ژنوم، چندگانی و یا نبود منابع ژنتیکی کافی روبهرو است. توالی یابی نسل بعدی (NGS)، روشی موثر برای گسترش تعداد زیادی از نشانگرهای DNA در یک بازه زمانی کوتاه است. در حال حاضر، چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) به عنوان یکی از محبوب ترین نشانگرهای DNA، شناخته می شوند و در بسیاری از بررسی ها مورد استفاده قرار می گیرند. یکی از روش هایی که امروزه به کمک نشانگر SNP برای ارزیابی ژرم پلاسم گیاهی با ژنوم های پیچیده و توالی یابی نشده نوآوری شده است، روش تعیین ساختار ژنتیکی به کمک توالی یابی (GBS) می باشد. تا کنون، از این روش برای بهنژادی و ارزیابی ژنتیکی ژرم پلاسم برخی از گونه های گیاهان زینتی از جمله رز، ارکیده و اطلسی استفاده شده است. از میان این بررسی ها، یک پژوهش روی ادریسی با هدف بررسی پویش کل ژنومی (GWAS)، ده پژوهش برای بررسی گوناگونی ژنتیکی گونه های زینتی مختلف از جمله Gloxinia، ارکیدهDendrobium و همچنین درختان زینتی Marshall Franklinia alatamaha وCornus florida L.، چهار بررسی برای ساخت و تکمیل نقشه ژنتیکی گیاهانی از جمله رز و اطلسی و سه بررسی برای گسترش نشانگرهای مولکولی در گونه های رز، یاس بنفش و ادریسی و یک پژوهش برای بررسی گوناگونی ژنتیکی درون و بین گونه ای سریش های ایران انجام شده است. از این روش می توان برای شناسایی گوناگونی ژنتیکی برای ساخت نقشه های ژنتیکی لینکاژی با تراکم بالا و کشف نشانگرهای مولکولی لازم در بررسی های QTL، GWAS و همچنین برای شناسایی ژنهای نامزد ازجمله ژن های کنترل کننده فرآیند گلدهی بهره برد. روش تعیین ساختار ژنتیکی به کمک توالی یابی با توجه به هزینه کم به ازای هر نشانگر در مقایسه با سایر روش های تعیین نژادگان موجود در دنیا و همچنین کارایی و دقت بالا، می تواند به شکل گسترده ای در بررسی های ژنتیکی، توالی یابی و بهنژادی گیاهان زینتی مورد استفاده قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

Next generation sequencing ، Genotyping-by-sequencing ، Ornamental plants ، Molecular markers ، توالی یابی نسل بعد ، تعیین ساختار ژنتیکی به کمک توالی یابی ، گیاهان زینتی ، نشانگرهای مولکولی

نویسندگان

لیلا سمیعی

ferdowsi University of Mashhad

هانیه هادیزاده

Ferdowsi University of Mashhad

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :

Ahrens, C.W., Supple, M.A., Aitken, N.C., Cantrill, D.J., Borevitz, J.O., ...
Bagheri, H., Saki, S. (۲۰۱۷). Requirements and guidelines for the ...
Beissinger, T.M., Hirsch, C.N., Sekhon, R.S., Foerster, J.M., Johnson, J.M., ...
Buti, M., Sargent, D.J., Mhelembe, K.G., Delfino, P., Tobutt, K.R., ...
Chen, H., Lattier, J.D., Vining, K., Contreras, R.N. (۲۰۲۰). Two ...
Chen, W., Hou, L., Zhang, Z., Pang, X., Li, Y. ...
Davey, J.W, Hohenlohe, P.A, Etter, P.D, Boone, J.Q, Catchen, J.M. ...
Deschamps, S., Llaca, V., May, G.D. Genotyping-by-sequencing in plants. (۲۰۱۲). ...
Elshire, R.J. Glaubits, J.C., Sun, Q., Poland, J.A., Kawamoto, K., ...
Fu, Y.B., Cheng, B., Peterson, G.W. (۲۰۱۴). Genetic diversity analysis ...
Guo, Y., Lin, W.K., Chen, Q., Vallejo, V.A., Warner, R.M. ...
Hasing, T., Rinaldi, E., Manrique, S., Colombo, L., Haak, D., ...
He, J., Zhao, X., Laroche, A., Lu, Zh., Liu, H., ...
Myles, S., Peiffer, J., Brown, P.J., Ersoz, E.S., Zhang, Z., ...
Novembre, J. (۲۰۱۴). Variations on a common STRUCTURE: new algorithms ...
Pais, A.L., Whetten, R.W., Xiang, Q.J. (۲۰۱۶). Ecological genomics of ...
Peterson, G.W., Dong, Y., Horbach, C., Fu, Y.B. (۲۰۱۴). Genotyping-by-sequencing ...
Poland, J.A., Rife, T.W. (۲۰۱۲). Genotyping-by-sequencing for plant breeding and ...
Qi, P., Gimode, D., Saha, D., Schröder, S., Chakraborty, D., ...
Rabinowicz, P.D., Citek, R., Budiman, M.A., Nunberg, A., Bedell, J.A., ...
Rafalski, J.A. (۲۰۱۰). Association genetics in crop improvement. Current Opinion ...
Ryu, J., Kim, W. J., Im, J., Kang, K.W., Kim, ...
Smulders, M.J., Arens, P. (۲۰۱۸). New Developments in Molecular Techniques ...
Tamaki, I., Yoichi, W., Matsuki, Y., Suyama, Y., Mizuno, M. ...
Tränkner, C., Krüger, J., Wanke, S., Naumann, J., Wenke, T., ...
Wu, X., Alexander, L. (۲۰۱۹). Genetic diversity and population structure ...
Yadav, L.K., McAssey, E.V., Wilde, H.D. (۲۰۱۹). Genetic diversity and ...
Yagi, M. (۲۰۱۵). Recent progress in genomic analysis of ornamental ...
Yan, M. Byrne, David, H. Klein, P., Yang, J., Dong, ...
Yoichi, W., Kawamata, I., Matsuki, Y., Suyama, Y., Uehara, K., ...
Zhang, L., Guo, D., Guo, L., Guo, Q., Wang, H., ...
• Ahrens, C. W., Supple, M. A., Aitken, N. C., ...
• Buti, M., Sargent, D. J., Mhelembe, K. G., Delfino, ...
• Chen, H., Lattier, J. D., Vining, K., & Contreras, ...
• Davey, J.W, Hohenlohe, P.A, Etter, P.D, Boone, J.Q, Catchen, ...
• Deschamps, S., Llaca, V. & May, G. D. Genotyping-by-Sequencing ...
• Elshire, R. J. Glaubits, J. C., Sun, Q., Poland, ...
• Gladfelter, H. J., Yadav, L. K., Merkle, S. A., ...
• Guo, Y., Lin, W. K., Chen, Q., Vallejo, V. ...
• Hasing, T., Rinaldi, E., Manrique, S., Colombo, L., Haak, ...
• He, J., Zhao, X., Laroche, A., Lu, Zh., Liu, ...
• Pais, A. L., Whetten, R. W., & Xiang, Q. ...
• Poland, J. A. and Rife, T. W. (۲۰۱۲). Genotyping-by-sequencing ...
• Rabinowicz, P. D., Citek, R., Budiman, M. A., Nunberg, ...
• Ryu, J., Kim, W. J., Im, J., Kang, K. ...
• Smulders, M. J., & Arens, P. (۲۰۱۸). New developments ...
• Tamaki, I., Yoichi, W., Matsuki, Y., Suyama, Y., & ...
• Tränkner, C., Krüger, J., Wanke, S., Naumann, J., Wenke, ...
• Wu, X and Alexander, L. (۲۰۱۹). Genetic diversity and ...
• Yadav, L. K., McAssey, E. V., & Wilde, H. ...
• Yagi, M. (۲۰۱۵). Recent progress in genomic analysis of ...
• Yan, M. Byrne, David, H. Klein, P., Yang, J., ...
• Yoichi, W., Kawamata, I., Matsuki, Y., Suyama, Y., Uehara, ...
• Zhang, L., Guo, D., Guo, L., Guo, Q., Wang, ...
Ahrens, C.W., Supple, M.A., Aitken, N.C., Cantrill, D.J., Borevitz, J.O., ...
Bagheri, H., Saki, S. (۲۰۱۷). Requirements and guidelines for the ...
Beissinger, T.M., Hirsch, C.N., Sekhon, R.S., Foerster, J.M., Johnson, J.M., ...
Buti, M., Sargent, D.J., Mhelembe, K.G., Delfino, P., Tobutt, K.R., ...
Chen, H., Lattier, J.D., Vining, K., Contreras, R.N. (۲۰۲۰). Two ...
Chen, W., Hou, L., Zhang, Z., Pang, X., Li, Y. ...
Davey, J.W, Hohenlohe, P.A, Etter, P.D, Boone, J.Q, Catchen, J.M. ...
Deschamps, S., Llaca, V., May, G.D. Genotyping-by-sequencing in plants. (۲۰۱۲). ...
Elshire, R.J. Glaubits, J.C., Sun, Q., Poland, J.A., Kawamoto, K., ...
Fu, Y.B., Cheng, B., Peterson, G.W. (۲۰۱۴). Genetic diversity analysis ...
Guo, Y., Lin, W.K., Chen, Q., Vallejo, V.A., Warner, R.M. ...
Hasing, T., Rinaldi, E., Manrique, S., Colombo, L., Haak, D., ...
He, J., Zhao, X., Laroche, A., Lu, Zh., Liu, H., ...
Myles, S., Peiffer, J., Brown, P.J., Ersoz, E.S., Zhang, Z., ...
Novembre, J. (۲۰۱۴). Variations on a common STRUCTURE: new algorithms ...
Pais, A.L., Whetten, R.W., Xiang, Q.J. (۲۰۱۶). Ecological genomics of ...
Peterson, G.W., Dong, Y., Horbach, C., Fu, Y.B. (۲۰۱۴). Genotyping-by-sequencing ...
Poland, J.A., Rife, T.W. (۲۰۱۲). Genotyping-by-sequencing for plant breeding and ...
Qi, P., Gimode, D., Saha, D., Schröder, S., Chakraborty, D., ...
Rabinowicz, P.D., Citek, R., Budiman, M.A., Nunberg, A., Bedell, J.A., ...
Rafalski, J.A. (۲۰۱۰). Association genetics in crop improvement. Current Opinion ...
Ryu, J., Kim, W. J., Im, J., Kang, K.W., Kim, ...
Smulders, M.J., Arens, P. (۲۰۱۸). New Developments in Molecular Techniques ...
Tamaki, I., Yoichi, W., Matsuki, Y., Suyama, Y., Mizuno, M. ...
Tränkner, C., Krüger, J., Wanke, S., Naumann, J., Wenke, T., ...
Wu, X., Alexander, L. (۲۰۱۹). Genetic diversity and population structure ...
Yadav, L.K., McAssey, E.V., Wilde, H.D. (۲۰۱۹). Genetic diversity and ...
Yagi, M. (۲۰۱۵). Recent progress in genomic analysis of ornamental ...
Yan, M. Byrne, David, H. Klein, P., Yang, J., Dong, ...
Yoichi, W., Kawamata, I., Matsuki, Y., Suyama, Y., Uehara, K., ...
Zhang, L., Guo, D., Guo, L., Guo, Q., Wang, H., ...
• Ahrens, C. W., Supple, M. A., Aitken, N. C., ...
• Buti, M., Sargent, D. J., Mhelembe, K. G., Delfino, ...
• Chen, H., Lattier, J. D., Vining, K., & Contreras, ...
• Davey, J.W, Hohenlohe, P.A, Etter, P.D, Boone, J.Q, Catchen, ...
• Deschamps, S., Llaca, V. & May, G. D. Genotyping-by-Sequencing ...
• Elshire, R. J. Glaubits, J. C., Sun, Q., Poland, ...
• Gladfelter, H. J., Yadav, L. K., Merkle, S. A., ...
• Guo, Y., Lin, W. K., Chen, Q., Vallejo, V. ...
• Hasing, T., Rinaldi, E., Manrique, S., Colombo, L., Haak, ...
• He, J., Zhao, X., Laroche, A., Lu, Zh., Liu, ...
• Pais, A. L., Whetten, R. W., & Xiang, Q. ...
• Poland, J. A. and Rife, T. W. (۲۰۱۲). Genotyping-by-sequencing ...
• Rabinowicz, P. D., Citek, R., Budiman, M. A., Nunberg, ...
• Ryu, J., Kim, W. J., Im, J., Kang, K. ...
• Smulders, M. J., & Arens, P. (۲۰۱۸). New developments ...
• Tamaki, I., Yoichi, W., Matsuki, Y., Suyama, Y., & ...
• Tränkner, C., Krüger, J., Wanke, S., Naumann, J., Wenke, ...
• Wu, X and Alexander, L. (۲۰۱۹). Genetic diversity and ...
• Yadav, L. K., McAssey, E. V., & Wilde, H. ...
• Yagi, M. (۲۰۱۵). Recent progress in genomic analysis of ...
• Yan, M. Byrne, David, H. Klein, P., Yang, J., ...
• Yoichi, W., Kawamata, I., Matsuki, Y., Suyama, Y., Uehara, ...
• Zhang, L., Guo, D., Guo, L., Guo, Q., Wang, ...

نمایش کامل مراجع