مطالعه بیوانفورماتیکی پروتئین آلفا-آمیلاز در گونه های مختلف پروکاریوتی و یوکاریوتی

آلفا-آمیلاز آنزیمی هضم کننده است که پیوند های آلفا- 1 به 4 گلیکوزیدی موجود در نشاسته و کربوهیدرات های وابسته را شکسته و گلوکز، مالتوز، مالتوتریوز و دکسترین را تولید می کند. این آنزیم کاربرد های زیادی در صنایع غذایی ، تولید دترجنت ها، کاغذ و پارچه دارد، به طوریکه 30 درصد از بازار جهانی تولید آنزیم را به خود اختصاص داده است. با گسترشمرز های زیست فنآوری، طیفی از کاربردهای آلفا -آمیلاز در بسیاری از زمینه های دیگر مثل استفاده های کلینیکی، دارویی و شیمی تجزیه گسترده شده است. مطالعه حاضر بر روی بررسی هومولوژی تعدای از توالی های پروتئینی آلفا -آمیلاز پروکاریوتی در مقایسه با آلفا-آمیلازهای یوکاریوتی با استفاده از نرم افزار بیوانفورماتیکی CLC Main Workbench 5-6-1 انجام شده است. بدین منظور توالی پروتئین های مورد نظر از گروه های مختلف باسیلوس از سایت NCBI استخراج گردیدند و با توالی این پروتئین در انسان و خوک مورد مقایسه قرار گرفتند. این پروتئین دارای سه دامین اصلی B ،A و C می باشد. همچنین وجود 4 ناحیه حفاظت شده در این پروتئین مشاهده شد که مطالعات پیشین نیز آن را تایید می کند. با توجه به وجود تعدادی اسیدآمینه کاملا یکسان در تمام توالی ها می توان نتیجه گرفت این اسید آمینه ها در فعالیت، مقاومت گرمایی، pH بهینه و میزان ترشح پروتئین آنزیمی نقش داشته و می توان از آنها در بررسی های موتاسیون زایی هدفمند استفاده کرد. همچنین شباهت زیاد موجود بین انواع پروتئین های پروکاریوتی و یوکاریوتی می تواند دریچه ای به سوی استفاده از این پروتئین ها و یا پروتئین های نوترکیب بهینه شده در استفاده های دارویی برای انسان باشد.

کلیدواژه ها:

آلفا-آمیلاز ، همولوژی ، بیوانفورماتیک