مقایسه بیوانفورماتیکی زیرواحدهای بزرگ و کوچک آنزیمRibulose-1,5-bisphosphate Carboxylase (Rubisco) در چند خانواده گیاهی

آنزیم روبیسکو فراوانترین و مهمترین آنزیم حیات میباشد. زیر واحد بزرگ این آنزیم در کلروپلاست و زیرواحد کوچک آن در هسته سلول کد میشوند. با توجه به اهمیت بررسی بیشتر ماهیت روبیسکو و ویژگیهای مولکولی آن برای پی ریزی یک بنیان قوی برای افزایش بهره وری کاتالیتیکی آنزیم روبیسکو گیاهان زراعی و افزایش محصول فتوسنتز، در این مطالعه بررسی بیوانفورماتیکی زیرواحدهای بزرگ و کوچک آنزیمRibulose-1,5-bisphosphate Carboxylase انجام شد. توالیهای آمینواسیدی هر دو زیرواحد بزرگ و کوچک مربوط به 9 خانواده گیاهی از پایگاهUniprotبه فرمتFASTAدریافت شد، سپس خصوصیات فیزیکوشیمیائی و ساختارهای دوم پروتئینی به ترتیب با استفاده از سایتهایSopma و ProtParamبدست آمد. همردیفی توالیها با استفاده از نرم افزارCLC Main Workbench 5.5انجام و درختهای فیلوژنی توسط نرم افزارMEGA5.2 و با آزمون 500bootsrapeترسیم گردید. نتایج حاصل از سایتSopmaنشان داد کهβturn و Extended strand و Random coil و αHelixبه ترتیب بیشترین ساختارهای دوم زیرواحد بزرگ راتشکیل میدهند، در حالیکه در زیرواحد کوچکβturn و Random coilبه ترتیب، عنوان بیشترین و کمترین سهم از ساختارهای دوم را به خود اختصاص داده اند. نتایج حاصل از همردیفی نشان داد که زیر واحد بزرگ این آنزیم نسبت به زیرواحد کوچک، حفاظت شده تر میباشد. از طرفی بررسی فیلوژنی زیرواحدهای بزرگ و کوچک این آنزیم در میان گونههای مورد بررسی نشان میدهد که روابط تکاملی بدست آمده توسط توالی اسیدهای آمینه، با تاکسونومی سنتی گیاهی منطبق میباشد.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، آنزیم روبیسکو ، گیاه