تعیین توالی ژنوم کامل و جایگاه تاکسونومیکی جدایهی جوین (خراسان) ویروس ایرانی پیچیدگی بوتهی چغندرقند

به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جدایههای ویروس ایرانی پیچیدگی بوتهی چغندرقندBeet curly top Iran virus, BCTIV)در استان خراسان، نمونهبرداری از مزارع کشت چغندرقند این استان انجام شد. دیانای کل از نمونههای جمعآوری شده استخراج گردید و بااستفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی در واکنش زنجیرهای پلیمراز، ژنوم کامل جدایهی شهرستان جوین استان خراسان تکثیر و سپستعیین توالی شد. به منظور همردیفسازی قطعات تعیین توالی شده، بررسی میزان تشابه و تفاوت ژنوم تعیین توالی شده با دیگر گونههای دو جنسBecurtovirus و Curtovirusو رسم درخت فیلوژنتیکی برای این جدایهها به ترتیب از نرمافزارهایMegAlign ،ClustalXوMega5استفاده شد. مقایسهی توالیهای به دست آمده با اطلاعات موجود در پایگاههای اطلاعاتی و همچنین آنالیزهای فیلوژنتیکی نشان داد که ژنوم کامل مربوط به جدایهی شهرستان جوین با دارا بودن 2856 جفت باز و 11 تا 12 نوکلئوتید اضافی نسبت به جدایه تیپBCTIVبیشترین شباهت90/9درصد) را به جدایهی شیرازBCTIV و کمترین شباهت90/6 درصد) را به جدایهی کوارBCTIV دارد اما در مقایسه با گونههای جنسCurtovirusبیشترین شباهت را بهHorseradish curly top virusو کمترین شباهت را بهBeet curly top virus دارا بود. در درخت فیلوژنتیکی مربوط به این ویروسها، جدایهی جوین خراسان از تمام جدایههای گزارش شدهBCTIVجدا شده و نزدیک بهSpinach curly top Arizona virusقرار گرفت. با توجه به معیار تعیین آرایههای طبقهبندی در تیرهیGeminiviridaeجدایه ی به دست آمده به عنوان استرین جدیدی از ویروسBCTIRVدر ایران گزارش میشود.میزان بالای تنوع ژنتیکی مشاهده شده در این گونه میتواند نشاندهندهی تمایل زیاد این ویروسها به سمت گونهزایی باشد

کلیدواژه ها:

جمینیویروس ، ژنوم ویروس ، ویروس ایرانی پیچیدگی بوتهی چغندرقند