بررسی تنوع ژنتیکی ارقام گوجه فرنگی با استفاده از نشانگر SCoT
محل انتشار: فصلنامه بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره: 13، شماره: 4
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 335
فایل این مقاله در 20 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-13-4_006
تاریخ نمایه سازی: 21 دی 1400
چکیده مقاله:
هدف: مطالعه حاضر با هدف بررسی قابلیت نشانگر SCoT برای ارزیابی تنوع ژنتیکی گوجه فرنگی انجام شد. در این پژوهش همچنین میزان تنوع ژنتیکی ارقام این گیاه که پیشتر در ایران بصورت تجاری کشت شدهاند، در حال حاضر کشت میشوند و یا ارقام امید بخش می باشند هدف دیگر مطالعه بود. مواد و روش ها: تعداد ۹۹ رقم گوجه فرنگی (.Lycopersicon esculentum Mill) با استفاده از نشانگر SCoT مورد ارزیابی قرار گرفتند. برای این منظور DNA از نمونه های برگی تازه استخراج گردید. برای بررسی ابتدا از ۳۶ آغازگر SCoT استفاده شد که پانزده آغازگر به منظور تجزیه و تحلیل نهایی در نظر گرفته شدند. نتایج: با استفاده از ۱۵ آغازگر ارقام مورد بررسی ۲۰۷ نوار تولید نمودند که ۲۰۶ نوار آن چندشکل بود. اندازه نوارها بین ۲۵۰ تا ۳۲۰۰ جفت باز متغیر بود. میانگین درصد چند شکلی و میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی به ترتیب ۵۲/۹۹ و ۳۰/۰ برآورد شد. از ضریب تشابه ژنتیکی جاکارد استفاده شد که میانگین آن ۵۲/۰ بود. در بررسی شباهت ژنتیکی بین ارقام، کمترین دامنه ضریب تشابه ژنتیکی جاکارد ۱۷/۰ و متعلق به ارقام شماره های ۳۴ و ۹۷ و بیشترین آن ۸۴/۰ و مربوط به رقم های شماره ۸۶ و ۸۷ بود. تجزیه خوشه ای بر اساس ضریب تشابه جاکارد و روش Centroid انجام شد که ارقام را به سه خوشه تقسیم کرد. تجزیه به مختصات اصلی رقم ها را به چهار گروه تقسیم نمود که سه مولفه اول ۸۲/۵۸ درصد تغییرات مولکولی را توجیه کردند. نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی تا حد زیادی با نتایج تجزیه خوشه ای مطابقت داشت. آغازگرهای SCoT۱۲ و SCoT۲۳ با داشتن محتوای اطلاعات چندشکلی، شاخص نشانگری، نسبت چندشکلی موثر و قدرت تفکیک بالا کارایی مناسبی در تمایز ارقام داشتند. نتیجه گیری: مطالعه حاضر نشان داد نشانگر مولکولی SCoT برای بررسی تنوع ژنتیکی گوجه فرنگی مناسب است. این نشانگر توانست سطح بالایی از چندشکلی را ایجاد کند و کارایی مناسبی در تمایز ژنوتیپ های گوجه فرنگی را نشان دهد. آغازگرهای SCoT۱۲ و SCoT۲۳ نسبت به سایر آغازگرهای مورد استفاده کارآیی بیشتری داشتند. همچنین بر اساس یافته های این پژوهش به نظر میرسد ارقام گوجه فرنگی مورد استفاده در ایران از تنوع ژنتیکی بسیار بالایی برخوردار نیستند اما برای بررسی دقیقتر استفاده از تعداد بیشتر آغازگر SCoT و نیز نشانگرهای دیگر توصیه می گردد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
سپیده میرزایی
گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه رازی
هومن سالاری
گروه تولید و ژنتیک گیاهی- دانشکده کشاورزی- دانشگاه رازی
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :