پیش بینی ژن های کاذب جدید در ژنوم مرجع گوسفند

ژن های کاذب نسخه هایی از ژن اجدادی می باشند که به مرور زمان فعالیت آنها نسبت به ژن اولیه تغییر کرده است و در ژنوم بر اثر فرآیندهایی مانند مضاعف شدگی ژنی و همچنین رونویسی واژگون ایجاد شده اند. ژن های کاذب تا مدت ها به عنوان توالی های غیر عملکردی ژنوم در نظر گرفته می شدند. با این وجود پژوهش های اخیر گزارشاتی مبنی بر فعالیت زیستی این ژن ها ارائه داده اند، در نتیجه عملکردی بودن این ژن ها موجب افزایش حاشیه نویسی صحیح تر این ژن ها در ژنوم موجودات شده است. در پژوهش حاضر به منظور بهبود حاشیه نویسی ژنوم گوسفند، برای نخستین بار با استفاده از روش های محاسباتی بر پایه بررسی تشابه با استفاده از نرم افزار PseudoPipe، ژن های کاذب مرتبط با ژن های کدکننده پروتئین در سطح ژنوم شناسایی شدند. همچنین گروه های کارکردی ژن های والدی که ژن های کاذب از آنها مشتق شده اند با استفاده از پایگاه اینترنتی DAVID بررسی شدند. در نهایت ویژگی های مختلف ژن های کاذب کاندید جدید شناسایی شده با ژن های کاذب شناخته شده در گونه های انسان، موش و گاو مقایسه شدند. به طور کلی ۴۰۹۸ ژن کاذب با سطح اطمینان بالا شامل ۱۱۰۲ ژن کاذب از نوع مضاعف شده و ۲۹۹۶ از نوع پردازش شده شناسایی شدند. نتایج نشان داد که ژن های کاذب شناسایی شده در فرآیندهای زیستی گوناگونی مانند splicing mRNA، پیدایش ریبوزوم، اتصال rRNA، انتقال الکترون میتوکندریایی، ترجمه و غیره نقش دارند. مقایسه ویژگی های مختلف ژن های شناسایی شده با دیگر گونه ها نشان داد که نتایج حاصل از این پژوهش در تطابق با پژوهش های گذشته می باشد. نتایج حاصل از این پژوهش به بهبود حاشیه نویسی ژنوم گوسفند کمک خواهد کرد.

کلیدواژه ها:

تشابه ، حاشیه نویسی ژنوم ، عدم تطابق ، نرم افزار PseudoPipe