First Nearly Complete Genome Sequence of Onion Yellow Dwarf Virus Infecting Garlic in Iran
محل انتشار: مجله علوم و فناوری کشاورزی، دوره: 23، شماره: 6
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 36
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JASTMO-23-6_012
تاریخ نمایه سازی: 23 آبان 1402
چکیده مقاله:
For the first time, the nearly complete genome sequence of onion yellow dwarf virus (OYDV) was found in Iran from garlic (Allium sativum L.) by deep RNA sequencing. Complete coding sequence of the Iranian isolate of OYDV (MN۵۲۸۷۶۹) consists of ۱۰,۲۱۲ nucleotides (nt), encodes a polyprotein with ۳,۴۰۳ amino acids (aa). Pairwise sequence comparisons showed that IR-Kh۲ shares ۷۴.۸۴-۹۷.۳۹% identity at the nt level and ۷۵.۶۷-۹۸% identity at the amino acids level, respectively with other OYDV isolates deposited in the GenBank previously. According to the phylogenetic analysis, the OYDV isolates were divided into two main groups based on the coding sequence of genome and the Iranian OYDV isolate cluster together with the Australian (MS/SW۱), Spanish (SG۱), Chinese (G۷۸ and G۳۷-۲), and Indian (RR۱) isolates. Furthermore, a genetic recombination analysis was also performed, in which a putative recombination event was detected in the nuclear inclusion body b (NIb) gene.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
A. Entezari
Department of Plant Pathology, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Islamic Republic of Iran.
M. Mehrvar
Department of Plant Pathology, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Islamic Republic of Iran.
M. Zakiaghl
Department of Plant Pathology, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Islamic Republic of Iran.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :