تعیین توالی و بررسی فیلوژنی ژن هم سان APETALA ۱ در شاهی

پیش روی فرایند گل دهی در گیاهان، از طریق تحریک مریستم گل آذین به وسیله ی چندین مسیر آغاز می شود. بسیاری از ژن های دخیل در این مسیرها فاکتورهای رونویسی خانواده دومین MADS را کد می کنند. فاکتور رونویسی APETALA۱ (AP۱)، یکی از تنظیم کننده های کلیدی نمو گل، از این خانواده است. اولین قدم برای فهم مکانیسم های مولکولی تحت عمل کرد هر ژن در یک گیاه، شناسایی، تعیین توالی و سپس بررسی فیلوژنی ژن مورد نظر است. بدین منظور، RNA کل از غنچه گل شاهی (Lepidium sativum L.) استخراج و برای ساخت cDNA استفاده گردید. آغازگر های اختصاصی بر اساس توالی ژن های همسان AP۱ در گیاهان هم خانواده، طراحی و برای واکنش RT-PCR مورد استفاده قرار گرفت. پس از بررسی الگوی مناسب الکتروفورزی آن و حصول اطمینان از کیفیت محصول PCR بدست آمده، قطعه ی تکثیر شده برای توالی یابی فرستاده شد. نتیجه توالی یابی پس از دریافت، با نرم افزارهای BLAST، MUSCLE، Gene Runner و MEGA۶ مورد بررسی قرار گرفت. نتایج، نشان دهنده تکثیر طول کامل ناحیه ی کدشونده ژن به تعداد ۷۸۷ نوکلئوتید بود که LsAP۱ نامیده شد و با شماره دست رسی KP۰۷۰۷۲۸ در پایگاه NCBI ثبت گردید. بررسی ها بیانگر تشابه بالا و همچنین هم پوشانی زیاد توالی های موجود در بانک ژن با توالی پروتئین استنباطی LsAP۱، بود. مطابق با این نتایج، LsAP۱ نیز به احتمال به عنوان هومولوگ ژن AP۱ در گذر به گل دهی نقش دارد و می تواند به عنوان ژن تعیین هویت مریستم گل عمل کند.

کلیدواژه ها:

Alignment ، flowering ، phylogenetic tree ، primer ، protein ، آغازگر ، پروتئین ، درخت فیلوژنی ، گل دهی ، هم ردیفی