بهبود تشخیص کمپلکس های پروتئینی مبتنی بر خوشه بندی دوگانه داده های بیان ژن

با توجه به نقش کمپلکس های پروتئینی در انجام بسیاری از کارکردهای سلولی موجودات زنده، کشف آن ها می تواند به درک عمیق تر سازوکار های تنظیمی سلول، توصیف فرآیند تکامل در سیگنال ها ی سلولی، پیش بینی عملکرد زیستی پروتئین های کشف شده و از همه مهم تر تحقق اهداف درمانی(تشخیص بیماری و طراحی دارو) منجر شود. رویکردهای محاسباتی ارائه شده تاکنون به منظور تشخیص کمپلکس های پروتئینی، به طور عمده بر خوشه بندی شبکه برهم کنش پروتئین-پروتئین تمرکز دارند و این در حالی است که شبکه های برهم کنش، علاوه بر این که نوفه دار می باشند، به تنهایی، فاقد سازوکار لازم برای در نظر گرفتن ماهیت پویای سلول در فرآیند تشخیص کمپلکس های پروتئینی می باشند. در این مقاله، مدلی سه لایه مبتنی بر رویکرد خوشه بندی دوگانه برای تشخیص کمپلکس های پروتئینی از منابع داده ای مختلف ارائه شده است. لایه های اول، دوم و سوم مدل پیشنهادی، به ترتیب وظیفه پویاسازی، کاهش نویز و تشخیص نهایی کمپلکس های پروتئینی را بر عهده دارند. مجموعه ارزیابی های مختلف، نشان می دهد که روش پیشنهادی توانسته است با استفاده از منابع داده ای مختلف در لایه های سه گانه، ضمن مدیریت بهتر چالش های اصلی مسئله مانند نوفه دار بودن منابع داده ای و ضرورت مدل سازی پویای فرآیند تشخیص به کمک داده های بیان ژن، دقت فرآیند تشخیص کمپلکس های پروتئینی را بر اساس سنجنده های مرتبط و در شرایط گوناگون، به میزان قابل توجهی بهبود دهد.

کلیدواژه ها:

کمپلکس پروتئینی ، شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین ، دادههای بیان ژن ، خوشهبندی دوگانه ، شباهت معنایی