مدل‌سازی ساختمان سه بعدی پپتیدهای حلقوی ضدمیکروبی جداشده از گیاه بنفشه معطر بومی ایران

سیکلوتیدها پپتیدهای کوچکی هستند که بک بن حلقوی دارند و به همراه 6 پیوند دی‌سولفیدی با آرایش گره‌ای سبب پایداری فوق العاده این پپتیدها به حرارت، مواد شیمیایی و آنزیم‌ها شده است. فعالیت زیستی سیکلوتیدها بسیار متنوع است و از آن جمله می‌توان به فعالیت ضدمیکروبی، ضد ویروس نقص ایمنی اکتسابی، ضد توموری، حشره کشی و همولیتیک اشاره کرد. سیکلوتیدها به طور معمول 28-37 اسیدآمینه دارند و به صورت یک پروتئین کروی، تا می‌خورند. این پپتیدها بر اساس هومولوژی در توالی به دو زیرخانواده bracelet و moebius تقسیم می‌شوند. تاکنون توالی پپتیدی بیش از 100 سیکلوتید متفاوت گزارش و مشخص شده است که ترکیب اسیدآمینه‌ای سیکلوتیدها بسیار متنوع است و شرایط محل پرورش در این تنوع تاثیرگذار می‌باشد. تنوع در توالی پپتیدها می‌تواند به نوبه خود در ساختار سه بعدی و همچنین در عملکرد زیستی پپتیدها نقش بسزایی داشته باشد. در این پژوهش ژن 3 سیکلوتید به نام‌های vocA، vocB و vocC از گیاه بنفشه معطر بومی ایران شناسایی شد. توالی این 3 ژن با نرم افزار Generunner به توالی پپتیدی ترجمه شد. از میان آنها پپتید VOCC دارای یک جابجایی در جایگاه 23 می‌باشد. هدف از این پژوهش بررسی تاثیر این جابجایی اسیدآمینه‌ای در ساختمان سه بعدی این پپتید می‌باشد. بنابراین ساختمان سه بعدی آن با روش هومولوژی، مدل‌سازی شد. در این روش از سیکلوتید کالاتا B1 که ساختمان سه بعدی آن به صورت تجربی تعیین شده است، به عنوان الگو استفاده شد. تصاویر بدست آمده از ساختار این پپتید مشخص کرد که این پپتید ماهیت دوگانه دوستی دارد.

کلیدواژه ها:

سیکلوتید ، ساختمان سه بعدی ، مد‌‌‌ل‌سازی هومولوژی