طراحی آغازگر جهت تکثیر تکرارهای نوکلئوتیدی پشت سرهم (STRs)
محل انتشار: اولین کنگره ملی زیست شناسی و علوم طبیعی ایران
سال انتشار: 1393
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 687
فایل این مقاله در 10 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
BSCONF01_733
تاریخ نمایه سازی: 15 بهمن 1393
چکیده مقاله:
زمینه و هدف: جنبه مهمی از پژوهشهای ژنتیکی،پزشکی، سلولی مولکولی و سایر گرایشهای بیولوژی مولکولی داشتن مهارت مولکولی و بیوانفورماتیکی است. در هر پژوهش بیولوژی مولکولی انجام یک یا چند مرحله PCR امری اجتناب ناپزیر است. هر PCR موفقی نیازمند داشتن مهارت عملی و همچنین دارا بودن آغازگرهای مناسب میباشد. بخش زیادی از ژنوم انسان حاوی توالیهای تکراری STR میباشد. از سوی دیگر اکثر STR ها با افزایش ریسک ابتلا به بیماریها مرتبط هستند. در این پژوهش با هدف تکثیر تکرارهای دونکلئوتیدی GT موجود در پروموتر ژن HO-1 چگونگی استفاده از بانکهای اطلاعاتی، مراحل طراحی آغازگرها واصول طراحی آغازگرها مناسب شرح داده شده اند. نرم افزارها و روشها: توالی پروموتر ژن HO-1 که دارای ناحیه پلی مورفیسم تکرار دونکلئوتیدی است از بانک اطلاعاتی EPD بدست آمد. توالی وارد برنامه جامع طراحی آغازگر Oligo نسخه 7 شد. سپس آغازگرهای طراحی شده با نرم افزار Nucleotide blast موجود در بانک اطلاعاتی NCBI مورد سنجش قرار گرفت. نتایج: ویژگی ساختمانی آغازگرهای طراحی شده با نرمافزار Oligo شامل طول، GC%، TM سنجیده شد. سپس از نظر اختصاصیت اتصال با نرمافزار Blast بررسی شدند و در نهایت دو آغازگر رفت و برگشت با طول برابر با 27 نکلئوتید ، TM=67/2 و GC%=59/3 و E value= 5×10^-8 طراحی شدند. بحث: طراحی آغازگرهای مناسب نیازمند توجه به اصول مهم طراحی و Blast میباشد.از مهمترین آنها TM، درصد GC مشابه بهم دو آغازگر همچنین توجه به ساختارهای ثانویه مخصوصا در انتهای '3 میباشد. ضروریترین اصل BLAST دو آغازگر توجه به E value میباشد و بیانگر میزان اختصاصیت اتصال دو آغازگر به توالی الگو است. باتوجه به اصول طراحی و Blast دو آغازگر طراحی شد.
کلیدواژه ها:
طراحی آغازگر ، پروموتر ژن HO-1 ، تکرارهای پشت سرهم GT (STR) ، بانک اطلاعاتی EPD ، بانک اطلاعاتی NCBI ، نرم افزار Oligo
نویسندگان
مرضیه حمیدی
کارشناسی ارشد ژنتیک مولکولی، بخش ژنتیک، گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران
مجید متولی باشی
دانشیار، بخش ژنتیک، گروه زیست شناسی، دانشکده ی علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :