مدل سازی نرم افزاری آنزیم لاکتات دهیدروژناز باکتری Leuconostoc mesenteroides subsp. Cremoris

لاکتات دهیدروژناز یک آنزیم تترامریک است که متعلق به خانواده 2 -هیدروکسی اسید اکسیدوردوکتاز است که درمرحله آخر گلیکولیز، باعث افزایش سرعت تبدیل همزمان پیرووات به لاکتات و نیکوتین آمید آدنین دی نوکلئوتید (NADH)به +NAD میشود. این آنزیم دارای دو ایزو آنزیم D و L است که از فرم L اطلاعات بیشتری در دسترس است، درحالیکهاطلاعات در مورد ساختار و عملکرد فرم D اندک است. لاکتات دهیدروژناز ازنظر پزشکی دارای اهمیت است زیرا در سراسر بافتها مانند سلولهای خونی و عضله قلب وجود دارد. در طول آسیب بافتی آزاد میشود بنابراین اساسا به عنوان مارکر در آسیب هایرایج و بیماری ها عمل می کند. بر این اساس مدل سازی ساختار سه بعدی آنزیم لاکتات دهیدروژناز از اهمیت بالایی برخورداراست. هدف از این مطالعه بررسی بیوانفورماتیکی آنزیم لاکتات دهیدروژناز باکتری Leuconostoc mesenteroides subsp. Cremoris میباشد. به همین منظور در این تحقیق برای شناسایی دمین های ساختاری و جایگاه های ویژه آن، مدل سازیسه بعدی به روش همولوژی مدلینگ و به کمک پایگاه اطلاعاتی SWISS MODEL انجام شد. به منظور ارزیابی و مطالعه مدلساخته شده از نرم افزار SPDBV استفاده شد. مدل پیشنهادی در پایگاه اطلاعاتی SWISS MODEL آنزیم لاکتات دهیدروژنازگونه (Lactobacillus helvaticuse(2dld.1.B به عنوان الگو جهت بررسی ساختار آنزیم لاکتات دهیدروژناز باکتریLeuconostoc mesenteroides subsp. Cremoris مورداستفاده قرار گرفت. بر اساس مطالعات صورت گرفته در پایگاهاطلاعاتی Uniprot ، موقعیت آمینواسیدهای حاضر در جایگاه فعال و جایگاه اتصال NAD آنزیم لاکتات دهیدروژناز باکتریLeuconostoc mesenteroides مشخص شد و با آنزیم لاکتات دهیدروژناز گونه Lactobacillus helvaticuse مقایسه شد.

کلیدواژه ها:

گلیکولیز ، لاکتات دهیدروژناز ، مدل سازی ، تنفس بی هوازی