آنالیز فیلوژنتیکی و تعیین ترادف ژن اینکلوژن بادی دو جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک

ویروس خراشک حلقوی میخک (Carnation etched ring virus, CERV)، عضو جنس Caulimovirus و خانواده ی Caulimoviridae است. این ویروس به عنوان دومین ویروس مهم میخک پس از ویروس ابلقی میخک محسوب می شود. به منظور شناسایی ویروس مذکور، در طی بازدید از گلخانه­های میخک استانهای خراسان رضوی (مشهد) و مرکزی (محلات)، نمونه‌‌های مشکوک به آلودگی جمع‌آوری گردید. تشخیص اولیه CERV با استفاده از آزمون سرولوژیکی الایزای غیر مستقیم صورت گرفت. استخراج DNA از برگهای تازه نمونه­های آلوده، با استفاده از بافرCTAB  انجام شد. در آزمون PCR پس از به کار‌بردن جفت آغازگرهای اختصاصی قطعه ای به اندازه 1500 جفت‌ باز، واقع در ناحیه اینکلوژن بادی تکثیر شد. ترادف های بدست آمده، همراه با تعدادی از ترادف های کائولیموویروس های موجود در بانک ژن مقایسه شد. دندروگرام با استفاده از ترادف ژن اینکلوژن بادی با نرم افزار MEGA5 و به روش Neighbor joining ترسیم گردید. نتایج حاصل از آنالیزهای فیلوژنی نشان داد که جدایه محلات بیشترین نزدیکی را با جدایه هند (AJ853858) به میزان 4/99% دارد. از طرفی شباهت دو ایزوله ایرانی به یکدیگر 2/92% و با سایر جدایه های موجود در بانک ژن بین 90 تا 4/99% است. در بررسی تغییرات آمینواسیدی جدایه ها، بیشترین تغییرات در جدایه هلند مشاهده گردید. اگرچه تفاوت قابل ملاحظه ای به میزان 9/92-6/60% در سطح توالی های آمینواسیدی مربوط به ناحیه اینکلوژن بادی در بین کائولیموویروس­ها وجود داشت.

کلیدواژه ها:

آنالیز فیلوژنتیکی ، واکنش زنجیره ای پلیمراز ، ویروس خراشک حلقوی میخک