طراحی واکسن پلی اپی توپی سلول های B و T ضد سویه های باکتری هموفیلوس: با رویکرد بیوانفورماتیکی
محل انتشار: فصلنامه تحقیقات دامپزشکی، دوره: 76، شماره: 1
سال انتشار: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 401
فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JVR-76-1_015
تاریخ نمایه سازی: 20 مرداد 1400
چکیده مقاله:
زمینه مطالعه:علیرغم وجود واکسنهای کونژوگه ضد سویههای هموفیلوس عفونتهای ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارتهای اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل میکند. کارا نبودن واکسن های موجود ضد همه سویه ها میتواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس موثر باشد. از نقاط ضعف این واکسنها میتوان به عدم پوشش اپیتوپهای گوناگون از سویههای هموفیلوس در واکسنهای موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعهای از پروتئینهای حراستشده و مشترک در سویههای تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپیتوپها و طراحی واکسن ضروری است. هدف: این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپیتوپی موثر بر ضد سویههای بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهرهگیری از رهیافتهای in silico انجام شد. روشکار: ابتدا توالیهای پروتئینهای مورد نظر از پایگاههای داده بازیابی شدند و به منظور به دست آوردن مناطق حراستشده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپیتوپهای سلولهای B و T برای ۶ پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP۶)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D۱۵ با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپیتوپهای مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگیهای فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: ۶ اپیتوپ سلولCD۴+ T و ۳ اپیتوپ سلول B از ۶ پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابیهای ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپیتوپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که میتواند یک واکسن بالقوه باشد. نتیجهگیری نهایی: سازه پلی اپیتوپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک میتواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
غلامرضا نیکبخت بروجنی
گروه میکروبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران
فاطمه عباس آبادی
گروه میکروبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران
رامین عبیری
مرکز تحقیقات باروری و ناباروی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه و گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران
امیرهوشنگ الوندی
مرکز تحقیقات تکنولوژی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه و گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران
فرهاد سالاری
گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :