بررسی تاثیر pH بر موتاسیون در ژن P۵۳ با استفاده از روش های محاسباتی و مدلسازی

سابقه و هدف: ژن سرکوبگر تومور P۵۳ که به عنوان "محافظ ژنوم " شناخته می شود، در بیشتر از نیمی از تمام انواع سرطان-های انسانی جهش یافته  است. پروتئین P۵۳ یک عامل رونویسی است که وظیفه آن کنترل رونویسی از ژن های مسئول آپپتوز و توقف چرخه  سلولی است. هم چنین پروتئین P۵۳ می تواند رونویسی از ژن هایی که در پیشرفت چرخه سلولی نقش دارند جلوگیری نماید. بنابراین بدیهی است که از دست دادن فعالیت این ژن با فراوانی بالا در انواع مختلفی از سرطان ها مشاهده  شده است. مشاهدات تجربی هم زمانی بین افزایش اسیدیته و نیز جهش در کدون های خاص ژن P۵۳ (به طور خاص کدون ۲۴۸) را نشان داده اند. این  امر می تواند تا حدود زیادی ناشی از پروتونه شدن این  توالی سه نوکلئوتیدی باشد. جهش در این کدون خاص باعث جایگزینی اسید آمینه می گردد که نتیجه آن ایجاد پروتئینی با خاصیت انکوژنی میباشد. در این مطالعه تاثیر pH اسیدی را بر پایداری کدون ۲۴۸ در ژن P۵۳ بررسی گردید. مواد و روش ها: در این مطالعه از روش مکانیک مولکولی برای پاسخ پرسش این مطالعه استفاده شد. در این مطالعه از نرم-افزار HYPERCHEM استفاده شد. هم چنین به منظور دست یافتن به بهترین پیش بینی از میدان های نیروی AMBER، BIO+، MM+ و OPLS استفاده گردید. یافته ها: نتایج به دست آمده در میدان های نیروی مختلف همگی نشان دادند که در pHاسیدی سطح انرژی توالی مورد بررسی به میزان زیادی بالاتر از شرایط فیزیولوژیک می باشد. نتیجه گیری: نتایج این مطالعه پاسخ قابل  ملاحظه ای را درباره هدف مطرح  شده ارائه نمود و نشانداد کهpH اسیدی می تواند به لحاظ تئوریک ناپایداری مولکول را نسبت به pH فیزیولوژیک افزایش دهد.

کلیدواژه ها:

P۵۳ gene ، protonation ، mutagenesis ، ژن P۵۳ ، pH اسیدی ، موتاژنز