پویش ژنومی برای صفات مهم اقتصادی بلدرچین ژاپنی-مقایسه روش های چند مرحله ای بیز B و تک مرحله ای GBLUP
سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 144
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JASR-14-2_010
تاریخ نمایه سازی: 30 شهریور 1401
چکیده مقاله:
هدف پژوهش حاضر، مقایسه میزان واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده روش چند مرحلهای بیزB (MS-BayesB) با روش پویش کل ژنومی تک مرحلهای تصحیح شده مکرر (WssGWAS) برای صفات مرتبط با بازدهی خوراک در ۹۲۰ قطعه بلدرچین ژاپنی بود. برای هر پرنده، افزایش وزن بدن (BWG)، میزان خوراک مصرفی (FI) و ضریب تبدیل خوراک (FCR) رکورد اندازهگیری شده و با استفاده از یک تراشه SNP ژنوم بلدرچین ژاپنی (Illumina iSelect ۴K) تعیین ژنوتیپ شدند. میزان اثر هر یک SNPها با استفاده از نرم افزار GenSel و BLUPF۹۰ برآورد گردید. پنجرههایی که بیش از ۱% واریانس را بیان میکردند به عنوان مناطق ژنومی اصلی استفاده شدند. نتایج این پژوهش نشان داد در مجموع روش WssGWAS از نظر میزان واریانس ژنتیکی افزایشی بیان شده در مقایسه با روش MS-BayesB عملکرد بهتری داشت. تعداد ۱۵ پنجره ژنومی با بیش از ۱% واریانس ژنتیکی بیان شده روی ۱۰ کروموزوم مختلف، ۱/۲۳% واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه میکردند. تعداد ۱۴ پنجره روی ۹ کروموزوم مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجرهها ۳/۲۸% واریانس ژنتیکی را بیان میکردند. همچنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد ۱۲ منطقه ژنومی روی ۹ کروموزوم، سهم ۴/۲۷% از واریانس ژنتیکی کل داشتند. نتایج این پژوهش نشان داد که در مجموع روش WssGWAS به علت استفاده همزمان از اطلاعات شجرهای، فنوتیپی و ژنوتیپی عملکرد بهتری در مقایسه با روش چند مرحلهای BayesB دارد. علاوه بر این، با توجه به شناسایی مناطق ژنومی جدید و نقش کلیدی ژنهای ذکر شده در ایجاد صفات وزن بدن و بازده خوراک میتوان کارآیی روش WssGWAS برای پویش ژنومی در صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی را تایید کرد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
حسین محمدی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران.
امیر حسین خلت آبادی فراهانی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
محمد حسین مرادی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک، اراک، ایران
ابوذر نجفی
گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، پاکدشت، ایران.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :