مقاله علمی – پژوهشی: اثرات تنطیمی سیس و ترانس LncRNA در بیان افتراقی ژن ها طی آلودگی ویروس سپتی سمی خونریزی دهنده (Viral Hemorrhagic Septicemia) در ماهی قزل آلای رنگین کمان (Oncorhyncus mykiss)

در این مطالعه با استفاده از فناوری RNA-seq اثر تنظیمی سیس و ترانس ژن های غیر کد شونده بلند (lncRNA) در بیان ژن ها در ماهیان آلوده به ویروس سپتی سمی هموراژیک خونریزی دهنده (VHS) مورد بررسی قرار گرفت. در پایان دوره آزمایشی (روز سی و پنجم)، RNA کل از بافت طحال (گروه تیمار شده با ویروس) و سرم فیزیولوژی (گروه شاهد) و  برای آماده سازی کتابخانه برای mRNA-seq، مورد استفاده قرار گرفت. نتایج آنالیز RNA-seq، نشان داد که تعداد ۶۳ ژن lncRNA دارای بیان افتراقی بوده است که با ۹۲ ژن کد شونده به صوت سیس در محدوده ۲۰ هزار باز بالا دست و پایین دست ژن های مورد نظر ارتباط داشتند. از میان جفت ژن های کد شونده و lncRNA، آنهایی که همبستگی بیانی بیشتر از مثبت ۹۰ درصد و کمتر از منفی ۹۰ درصد داشتند به ترتیب به عنوان جفت ژن های با بیان هم راستا و غیر هم راستا مورد ارزیابی قرار گرفتند. ژن های کد شونده Interlukin۱۰،BHLHE۴۱، RBP۴۷، gastrotropin، synaptopodin، OX۲ و SMC۲ با ۸ و ۱۳ ژن lncRNA به ترتیب دارای ارتباط سیس و ترانس بودند. ژن های Interlukin۱۰، gastrotropin، synaptopodin، OX۲، SMC۲ و دو ژن RBP۴۷ و BHLHE۴۱ به ترتیب در گروه تیمار ویروسی و گروه شاهد بیان بالاتری نشان دادند. تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن ها نشان دهنده فعالیت ژن های سایتوکینی از جمله ژن اینترلوکین ۱۰ بود که در پاسخ های التهابی در سیستم ایمنی نقش مهمی دارد.

کلیدواژه ها:

Rainbow trout fish ، VHS virus ، RNA-seq ، lncRNA ، Cis and trans ، ماهی قزل آلای رنگین کمان ، ویروسVHS ، RNAseq ، lncRNA ، سیس و ترانس