تشخیص مبتنی بر تکنولوژی کریسپر از طریق هدف گیری ژن RdRp در بیمارانCOVID-۱۹

بیماری کووید- ۱۹۱، که بر اثر کرونا ویروس سندروم حاد تنفسی ۲ (SARS-CoV-۲)۲ ایجاد می شود، برای اولین بار در دسامبر سال ۲۰۱۹ در شهر ووهان چین شناسایی و پس از گذشت مدت کوتاهی به یک بیماری همه گیر جهانی تبدیل شد. این بیماری عفونی از طریق ذرات تنفسی آلوده به ویروس، به انسان منتقل شده و در موارد شدید و به خصوص در افرادی که بیماری زمینه ای دارند، سبب اختلال در عملکرد بخش های مختلف بدن از جمله دستگاه تنفسی ، کلیه ، کبد و همچنین باعث بروز شوک، آریتمی قلبی و آسیب قلبی و عروقی می گردد ]۱.[ براساس گزارشهای سازمان بهداشت جهانی ۳ (WHO)، ۳۲۴,۶۷۲,۵۶۲ نفر از زمان آغاز شیوع ویروس SARS-CoV-۲ تا تاریخ ۲۰ جولای ۲۰۲۲ (۳۰ تیر ۱۴۰۱) در جهان به این بیماری مبتلا شده اند، که از این تعداد ۷۹۳,۳۶۷,۶ نفر جان باخته اند ]۲.[ آمار بالای شیوع این بیماری در جهان، بیانگر میزان قدرت و سرعت بالای انتقال ویروس SARS-CoV-۲ می باشد. لذا ضروری است به منظور پیشگیری از آلوده شدن دیگر افراد جامعه و جلوگیری از پیشروی مضاعف بیماری در بدن فرد مبتلا، تشخیص زودهنگام و دقیق افراد مبتلا صورت گیرد. تاکنون روشهای مختلفی جهت تشخیص بیماری کووید-۱۹بررسی و بکار گرفته شده است . ازجمله ی این روشها می توان به تست RT-PCR، تصویربرداری CT قفسه سینه ، تست های سرولوژیکی ، RT-LAMP و تست های مبتنی بر کریسپر ۴ ( CRISPR ( اشاره کرد. تستهای مبتنی بر CRISPR و به طور ویژه سیستمهای SHERLOCK و DETECTORروشهای نوظهوری هستند که اخیرا به عنوان ابزارهای تشخیصی ارائه شده اند و برای شناسایی اسیدهای نوکلئیک ویروسی کاربرد دارند.مبنای عملکرد این سیستمها براساس فعال شدن پروتئینهای Cas بر اثر اتصال به ناحیه ی مناسبی از توالی هدف است [۳] . به منظورشناسایی ویروس SARS-CoV-۲ با استفاده از تستهای مبتنی بر CRISPR ، پروتئین Cas باید به طور موثری به بخش مناسبی ازتوالی اسیدنوکلئیکی ویروس متصل شود. توالی اسیدنوکلئیکی این ویروس از نوع RNA بوده و دارای بخشهای مختلفی شامل چهارپروتئین ساختاری و شانزده پروتئین غیر ساختاری است ۴] و [۷ . براساس مطالعات انجام شده، بخشهایی از ژنوم ویروس که بیشترینمحافظت شدگی و کمترین میزان جهش را دارا باشند، نواحی مناسبی برای اتصال پروتئین Cas هستند. توالی ژنومی یکی از پروتئینهایغیرساختاری این ویروس به نام nsp۱۲ که تولیدکنندهی پروتئین ۵RdRp است، به عنوان یکی از نواحی محافظت شده و دارای حداقلمیزان جهش شناخته شده است که میتواند گزینه ی مناسبی به عنوان ناحیه هدف برای پروتئین Cas باشد ۵] و [۶ . در این مطالعهپیشنهاد میگردد که با تشخیص نواحی ژن nsp۱۲ در ژنوم ویروس SARS-CoV-۲ ، بر مبنای تکنولوژی کریسپر، بتوان این ویروسرا با دقت و سرعت بالا در بیماران ایرانی شناسایی کرد.

کلیدواژه ها:

تشخیص ، ویروس SARS-CoV-۲ ، ژن RdRp ، تکنولوژی کریسپر ، SHERLOCK ، nsp۱۲