بازسازی توالی های هاپلوتایپ با استفاده از روش های مبتنی بر گراف

بازسازی توالی هاپلوتایپ یکی از موضوعات مهم در حوزه بیوانفورماتیک محسوب می شود. هاپلوتایپ ها حاوی اطلاعاتارزشمندی در خصوص بیماری های ژنتیکی بوده و از این جهت مورد توجه محققان می باشند. بازسازی هاپلوتایپ را می توانبصورت یک مسئله خوشه بندی دو کلاسه برای تعدادی رشته ورودی در نظر گرفت. وجود خطا در رشته ها و اطلاعات مفقودشده، به دشواری های کار می افزاید. تابحال الگوریتم های متعددی جهت حل مسئله ارائه شده واکثر آنها از مدل حداقلتصحیح خطا برای بازسازی استفاده کرده اند. در این مقاله، از الگوریتم رنگ آمیزی گراف جهت حل مسئله استفاده شدهاست. رویکرد اصلی ما در این مقاله، ساخت گراف دوبخشی و پیادهسازی سه مدل حذف حداقل فرگمنت ، بازسازی طولانیترین هاپلوتایپ و حداقل تصحیح خطا می باشد. نتایج حاصل از پیاده سازی این مدل ها بر روی مجموعه داده نشان می دهدکه مدل حداقل تصحیح خطا عملکرد مناسبی در بازسازی هاپلوتایپ داشته و نسبت به دو مدل حذف حداقل فرگمنت وبازسازی طولانی ترین هاپلوتایپ نتایج مناسبتری به دست می آورد.

کلیدواژه ها:

بیوانفورماتیک ، بازسازی هاپلوتایپ ، گراف دو بخشی ، گراف تضاد